早期的囊肿在其比较小的时候，可以通过局部制动、按摩的方法消除。当囊肿逐渐长大后可以先尝试用力按压挤破囊肿，可也以暂时消除，但是一般容易复发。如果囊肿逐渐长大后，挤压不破的情况下，可以根据自身情况，如果影响日常生活，可以到医院做手术切除囊肿，也是有一定的复发率。
对于体表的囊肿，可以选择手术切除的方法，通常是在局部麻醉下进行手术操作，发生于甲状腺的囊肿，如果逐渐增大，会出现气管受压，病人也会出现吞咽食物时明显的不适感，可以选择开放手术，或者是进行射频消融治疗等，让囊肿逐渐萎缩。
进行抗感染治疗，如果明确是感染所引起的，可以用抗生素进行治疗，如果在观察期间及时复查，可以看到囊肿急速的增大，并且引起明显的临床症状，影响了日常生活，需要考虑手术的方式。
要肝囊肿体积不是非常大，不压迫到肝脏，引起肝功能的异常，一般是不需要处理的，肝囊肿是指肝脏里面出现了一包液体。一般是不需要处理，平常要注意规律饮食，避免劳累熬夜，同时可以考虑定期进行复查就可以了。
去医院憋好尿做腹部彩超检查，到妇科医院通过正常的常规检查就可以查出来。单纯卵巢囊肿的治疗方案要到医院进行全面检查后根据囊肿大小位置进行选择，如囊肿直径小于5厘米，又无证据提示肿瘤，多为功能性囊肿，可以密切随访，即2－3个月检查一次，以后再调整检查间隔时间，若囊肿直径大于5厘米，则多为卵巢肿瘤，一般需要手术治疗。
