治疗的方法有，发病后4.5小时之内到达医院，确定诊断后可以应用静脉溶栓治疗，给予尿激酶100单位至150单位，静脉溶栓治疗。如果超过4.5小时，在6小时之内可以启动动脉溶栓进行治疗。经股动脉穿刺，将动脉导管放置在脑干血管堵塞处，给予尿激酶溶栓治疗是积极的治疗方法，在溶栓治疗后24小时或者不适合溶栓的病人，应该启动抗血小板治疗。
通常来说，脑干血栓不能恢复好。
脑干是人体的生命中枢，支配着人体的呼吸，心脏，消化等生理功能，而脑干血栓是比较危重的急性病,脑血栓形成损害了脑干,引起了颅神经的变化,引起中枢循环、呼吸的变化,引起了椎体束变化,也就是影响了肢体的运动功能及感觉障碍，还可能会造成严重的肢体功能障碍，而且通常不能恢复好。
脑干的血栓多数比较重，轻者可以出现吞咽功能困难，饮水呛咳等。重者可以出现闭锁综合征表现为意识障碍、四肢活动不能、大小便失禁、失语等，生存质量差，至于能活多久和病人并发症有关，如长期卧床很容易出现并发症，比如坠积性肺炎，下肢静脉血栓，压疮等。这些并发症会影响病人的寿命。所以及时处理预防并处理并发症，可以延长病人的寿命。
一般来说，脑干血栓能不能融掉需要分情况。具体分析如下：
脑干血栓如果发病时间在六小时以内，在医生的指导下及时进行溶栓治疗时，部分脑干血栓可以融掉。但是，也可能出现部分脑干血栓不可以融掉的情况，这时，患者需要在医生的指导下采取进一步的治疗措施。
日常生活中，应当限制饮酒，不宜吃辛辣调味品及喝咖啡、浓茶等刺激食物。可以多吃蔬菜和水果。
肺部血栓难能治好，肺血栓栓塞症是很严重的疾病，肺血栓是指来自静脉系统或右心的血栓阻塞肺动脉或其分支所致的疾病，以肺循环和呼吸功能障碍为其主要临床和病理生理特征。对于肺血栓栓塞情况，较难治好，很容易出现呼吸功能衰竭及各脏器功能衰退。
