对于皮下囊肿，需要进行外科治疗，如果是皮下囊肿比较小，可以先进行保守治疗，不需要进行治疗。
皮下囊肿一般有皮脂腺囊肿和皮样囊肿两种类型，一旦发生感染，需要手术治疗。另外，由于炎症引起的肿物与周围的界限不清楚，应积极进行抗感染治疗，待感染得到控制后，再进行外科切除。有些皮下囊肿与局部皮肤有很大的联系，要将其连同局部皮肤一起切除，以免再次复发，因此治疗皮下囊肿的方式主要是手术。保守治疗只能暂时观察，一旦病情发展到一定程度，就要进行外科手术，以免肿物生长太大，导致局部皮肤缺损较大，需要进行植皮。
药物治疗耳朵皮下囊肿。如果是皮下囊肿的话，不会疼痛的。如果是皮脂囊肿伴感染的话，会出现疼痛的。如果疼痛的话，先进行消炎治疗等炎症控制后，再考虑进行耳朵的皮脂囊肿切除手术治疗。
皮下生殖感染可以通过药物治疗、生活护理等方式改善。
盐酸左氧氟沙星胶囊、盐酸加替沙星片等是生殖系统的皮肤炎症。常用的抗炎症药有盐酸左氧氟沙星胶囊、盐酸加替沙星片、环丙沙星片等。但是18周岁以上的青少年是不能服用的，因为这会对身体的软骨生长造成一定的不良反应。另外在服用抗生素的过程中也要避免饮酒，因为酒精会影响到药物的消化和过敏。
脚内侧皮下腱鞘囊肿通常可以通过保守治疗、手术治疗等方式进行治疗。
足部内侧有腱鞘发生病变，俗称腱鞘炎。其主要表现为疼痛和功能障碍，如不能及时得到有效治疗，则会导致关节畸形及功能受限。象这样的病例，初期可采用保守治疗。即制动休息，同时外涂些消炎，消肿，止痛药。这样就能够减轻患者的疼痛程度。若炎症较严重，也可在局部进行痛点封闭。对于已经出现了严重疼痛的患者，应该尽早地进行检查诊断，然后根据具体情况决定是否要实施手术处理。但病情严重，或重复出现的文字，那就要进行局部小手术了，松解腱鞘部分。
一般情况下，皮下囊肿不做手术是无法治愈的，所以，患者一旦诊断为皮下囊肿，最好进行手术切除。
手术前要留意囊肿的范围，并进行明确的标记，医生会将其滑膜刮除，使内壁新鲜且紧密接触，消灭残腔，防止病情出现复发。患者需要特别注意的是，囊肿表面皮肤切口禁止用肾上腺素盐水止血，因为囊肿表面皮肤薄，剥脱范围广，容易坏死。
患者出院后应该注意饮食搭配，少吃辛辣刺激的食物，保持充足的睡眠，少熬夜。
皮下囊肿以青年时期头面，臂，背部发病多见.皮表可见开口小孔，推动囊肿时，此处与皮肤粘连甚紧，并见略微凹陷而出现小坑，即为直接通达皮肤表面的腺体所在导管开口，我认为应该先控制炎症等炎症控制后可以手术切掉口服抗生素疗效不佳也可静脉给药，如果实在疼痛难忍可以直接去切开引流排脓引流后再抗感染治疗。
