发病部位不同，咽炎是由于咽部和其喉部的咽黏膜及其淋巴组织异常导致的。扁桃体炎常出现在扁桃体的隐窝、实质等处。临床表现不同，咽炎与扁桃体炎均有急慢性之分，成年人群常患急性咽炎，有咽干发热、疼痛等症状。而扁桃体发炎时，则扁桃体会充血、肿大，严重时会有黄白色脓点。咽炎患者还会出现咽壁黏膜水肿，明显区别是患有扁桃体炎会引起发烧，而咽炎患者不会出现这种现象。
如果咽炎表现为咽部黏膜的炎症，扁桃体炎表现为扁桃体本身局部炎症。咽炎通常伴有全身症状比较少，一般都是局部的咽痛、吞咽疼痛感。扁桃体炎首先会引起全身高烧，同时伴有全身不适感疼痛，精神萎靡、疲倦。
支气管炎和扁桃体炎的区别如下，支气管一般是在下呼吸道，扁桃体炎主要是上呼吸道。咽扁桃体的炎症变化是扁桃体炎。支气管炎是由物理、化学因素和病毒感染引起的，只有极少数免疫力低下的人会出现细菌感染。出现发热、咽痛、充血、局部脓性分泌物是扁桃体炎的常见表现。气管炎一般都是通过止咳对症进行治疗。如果是扁桃体炎，可以口服抗生素进行抗感染。
如果一侧颈部皮下可以触及肿块，呈卵圆形，可用推动，体积不大，则不排除淋巴结肿大的可能，而扁桃体炎主要表现为咽部疼痛及发烧等症状，颈部是不能触及肿块的，如果怀疑为颈部淋巴结肿大的话可以进行彩超等进一步检查确诊，并予以相应的治疗措施。
咽炎是咽喉部的炎症，扁桃体炎是扁桃体发炎，扁桃体发炎容易发烧，病情进展比较快。慢性咽炎一般多表现为咽喉部的不舒服，有痰，早晨刷牙感觉干呕。扁桃体炎一般多见扁桃体的肿大，而咽炎多是咽喉壁滤泡的增生。
支气管炎和扁桃体炎的区别在于支气管炎起源于肺部，而扁桃体炎起源于咽部，两者表现有所不同，支气管炎是由肺部气管和支气管炎的细菌或病毒感染引起的喉部、气管和支气管黏膜的急性弥漫性炎症。以咳嗽为主，其次是干咳、喘鸣、声音嘶哑和吸气性呼吸困难。扁桃体炎可分为急性扁桃体炎和慢性扁桃体炎。急性扁桃体炎多为腭扁桃体的急性非特异性炎症，常继发于上呼吸道感染常见的症状有发热、头痛、吞咽困难以及全身不适等。
