直肠炎的治疗包括饮食治疗，腹泻期要注意补充营养，适当减少饮食中纤维素成分，以易消化富含叶酸、铁、钙、镁、锌等微量元素的流质饮食为宜。心理治疗，做好思想工作，尽量全身放松。
直肠炎也是轻度和重度的，有不同的类型，受细菌感染的直肠炎并不严重，大多数经过积极的抗炎治疗后可以迅速恢复。然而，溃疡性直肠炎主要与其自身的免疫系统有关，这可能导致长期症状和持续恶化，甚至癌变，这是相对严重的。
一般情况下，艾灸肛门对直肠炎的治疗，能达到辅助治疗的效果。
直肠炎多由肠道内菌群失调、有害菌滋生引起，而艾炙通常无杀菌、消炎之功效，故艾灸无法直接用于直肠炎，只能起到辅助治疗的作用。直肠炎以药物治疗为主，在平时要注意生活作息规律，尽量不吃辛辣刺激性食物，不要滥用抗生素，以免对肠道正常菌群造成损害，这样才能控制直肠炎病情。
慢性直肠炎无需输血，可通过口服消炎药、直肠保留灌肠或口服中药治疗。如果是急性直肠炎或慢性直肠炎的急性发作，如果临床症状严重，需要输血，并使用中药保留灌肠。平时小心不要吃辛辣的食物。
如果检查后考虑直肠炎，应注意积极调整饮食，尽量可以吃一些清淡的食物，可以吃蔬菜和水果，可以吃含纤维素的食物，并养成每天排便一次的习惯，以避免便秘，不吸烟，不喝酒。口服抗感染药物可考虑治疗，灌肠可考虑药物治疗，也有助于改善症状。
