患有肛窦炎可以先保守治疗，严重时手术治疗。每天用生理盐水清洗肛门，温水坐浴，注意饮食，多喝水，多吃蔬菜水果，饭后适当的运动，保持大便通畅，防止便秘。忌烟忌酒作息规律保证充足的睡眠。
肛窦炎的病人可以肛门指诊检查、肛门镜检查等检查的结果进行相应额打确诊。如果病人是症状轻微的是可以采取药物治疗、坐浴的方式进行保守治疗。在病情恶化时，病人可以采取切除术、切开术等手术治疗。
单纯性肛窦炎可以药物治疗，如果效果不明显需要进行手术处理。采取侧卧位或截石位，进行常规消毒和局部麻醉，暴露患病的肛窦，沿探头切开肛窦，修剪伤口以保证引流通畅。术后每天进行中药坐浴，换药至病人康复。调整饮食，不吃辛辣生冷刺激性食物，不要坐在冰冷潮湿，注意个人卫生。
可以考虑与肛肠疾病有关系。比如肛窦炎，直肠炎痔疮等。建议到正规三甲以上医院肛肠科检查一下，可以做肛门指诊检查，肛镜检查等。查找病因。对症治疗，如果确诊为肛窦炎，可以使用肠道抗生素的药物治疗，也可以肛管滴药治疗。或者是用温水坐浴。生活中注意调养，多喝水，多吃新鲜的水果和蔬菜，忌食辛辣等刺激性食物。
细菌侵入之后就会引起肛窦内感染并沿着肛门腺导管和肛门腺蔓延所以肛窦炎又是引起多种肛门直肠病的根源如肛门直肠周围脓肿、肛瘘、肛裂、痔疮、肛乳头炎等肛管上皮癌的发生也与慢性肛窦炎症的刺激有关饮食以清淡、易消化为主多饮水忌食辛辣、燥热、发物和酒类并保持大便通畅养成良好的生活习惯。
