新生儿肠炎是由多种病原体引起的，如细菌、病毒、真菌等。其中常见的有细菌和病毒。所以需要确定什么是病原体感染。
在治疗中，如果腹泻呕吐严重，可以短时间禁食8小时，然后开始喂养。母乳或稀释牛奶或腹泻奶粉为佳。补充液体，防止脱水，纠正脱水，这要看宝宝腹泻的程度。
抗生素用于感染，微生态调节剂益生菌用于补充肠道正常菌群。所以肠炎的治疗要看宝宝的情况。
一般情况下，新生儿肠炎是由于小儿的肠道粘膜屏障功能差，在进食时，不洁食物进入就会感染肠道的炎症。
一般母乳喂养的孩子，增强肠道免疫力的抗体，在母亲乳汁含有，所以患肠炎的概率比较小一些。但如果卫生没有注意，或者奶瓶没有清洁、消毒，冲调奶粉时间过长，也是有可患肠炎的可能性。建议去医院进行大便常规检查，已确定是否是肠炎，当患了肠炎，建议使用敏感的抗生素治疗，在恢复身体健康后，及时补充肠道微生态制剂。
新生儿肠炎会出现恶心呕吐，食欲减退，腹胀，腹泻，腹痛等一系列的症状，可以在医生指导下予抗生素以及抗病毒的药物治疗，同时需要给予营养支持，并且要维持水电解质平衡，避免出现水电解质平衡紊乱以及休克的症状。
新生儿坏死性小肠结肠炎特征是在小肠远侧和近端处，常见的是早产婴儿和足月婴儿，男性多于女性。
一般在出生后2-3个星期内出现，首先是腹部肿胀，其次是恶心，其次是有胆汁或咖啡渣样物质；最后是大便和大便，可以是鲜血、果酱样和黑色，x光检查可以显示出小肠胀气，肠道形状坚硬，肠腔增粗，肠道腔内积气体，门脉气体。在进行治疗的时候一定要严格的禁食，在没有出现呕吐和腹痛症状的情况下，如果出现了进食的情况，就可以进行手术。
主要症状有胃肠道症状：表现为大便次数增多到每天10多次，常考虑有腹泻，正常大便母乳喂养5-6次以内、奶粉喂养一日3次以内；大便性状的改变：出现水样便、黏液或者血便的情况。
一般来说，新生儿坏死性小肠结肠炎需要通过以下途径进行治疗。
出现新生儿坏死性小肠结肠炎的情况，一旦确诊应当给禁食，禁饮食期间还应当遵医嘱给予葡萄糖脂肪乳、氨基酸等药物进行静脉补液，从而帮助维持水电解质和酸碱平衡。然后在医生的指导下使用第三代头孢菌素进行治疗。对于病情较为严重，甚至出现休克组长的新生儿，还应当在医生的指导下使用血浆、低分子右旋糖酐等药物来输注平衡盐溶液液。对于出现穿孔腹膜炎的新生儿，还需要考虑进行手术。
