指甲真菌感染大多不能自愈，患者应积极治疗。
皮肤癣菌侵犯甲板及甲下所引起甲病变，俗称“灰指甲”。甲癣的病程缓慢，如果不进行治疗，可终身不愈，所以患者大多不能自愈。建议患者在医生的指导下使用阿莫罗芬、环吡酮胺、特比萘芬、伊曲康唑、氟康唑等抗真菌药物进行治疗，能够有效改善病情。
指甲真菌感染可内服药物，单纯服用抗真菌药物，如灰黄霉素、氟康唑、斯皮仁诺等药物均有一定疗效，并且方便，但因为这类药物必须达到真菌所寄生的甲板处，才能发挥抗菌作用。患者应该尽早前往医院，在专业医生的指导下进行治疗。在生活当中也应当注意，不要过度的情绪激动，不要吃热性的食物，多吃蔬菜水果。平时少吃辛辣刺激的食物，忌烟酒，保持充足的睡眠，少熬夜。
口腔真菌感染一般是可以治愈的。口腔真菌感染，考虑可能是由于细菌或者病毒感染引起的口腔疾病，使用药物治疗，注意饮食，常用淡盐水漱口。也有可能是由于白色念菌珠感染引起的口腔粘膜性疾病，使用药物进行局部冲洗，可去口腔科进行激光治疗，平时多吃新鲜的蔬菜水果。
真菌感染不会自愈，不及时治疗可能导致病情加重，必须使用抗真菌药物治疗，可以到皮肤科检查治疗。受真菌感染时就算再痒也不能用手去抓，因为手上细菌很多抓破了会加重感染。
灰指甲多由红色毛癣菌、须毛癣菌、念珠菌等真菌感染引起。
当真菌进入指（趾）甲下方并开始繁殖时，会导致指（趾）甲增厚、变脆、变色（常见的是灰褐色或黄色）以及失去光泽。在某些情况下，感染还会导致指（趾）甲形状改变，变得不规则。如果不及时治疗，灰指甲可能会进一步发展，出现甲沟炎、甲床炎、嵌甲等并发症，引起疼痛和其他不适症状。
治疗灰指甲的方法主要采取局部外用抗真菌药物以及口服抗真菌药物，绝大多数患者可外用亮甲复方聚维酮碘搽剂这类外用抗真菌药，来达到杀灭真菌、抑制真菌再生的目的，改善灰指甲的症状。若病情较为严重，则可与特比萘芬等口服抗真菌药联合治疗，联合用药后的效果会比较显著。
