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肛瘘的治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面，促使愈合。肛瘘不能自愈，不治疗会反复发作，需要手术治疗。肛瘘的手术方式很多，手术是减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁，同时避免肛瘘的复发。
肛周囊肿的治疗应该严格的与肛周脓肿进行区分，肛周脓肿仅需要切开引流或者把脓腔切开就可以达到根治的目的。但是肛周囊肿的治疗，它的治疗是完整切除囊肿的囊壁组织以及内容物，有任何囊壁残留都可以导致疾病的复发。
治肛周囊肿大约需要7-10天的时间。多数需要手术切开脓肿，充分引流脓液，防止其不断扩散，以减轻疼痛等症状。伴有肛瘘的肛管直肠周围脓肿，要治疗必须先处理肛瘘，局部可用中药的溶液坐浴，使会阴保持清洁。同时应用抗生素控制感染。
肛周囊肿一般多为肛腺隐窝感染所致，临床上常见的包括，腹泻，上火，免疫力低下等，预防主要注意这些问题，另外温水坐浴不要过热，十分钟左右就可以，促进炎症吸收，消炎药一般5天左右，如果停药后症状反复，再次肿胀建议手术处理希望有帮助。
肛周囊肿需要挂肛肠科，肛周脓肿最主要的症状是疼痛，这种疼痛会非常剧烈，且会逐渐加重，很多病人说会吃不下，睡不着。只有在脓肿自行溃破后，疼痛才会暂时有所缓解。平时保持肛门周围清洁，可用药物温水坐浴。每次排便后用温水清洗肛门并烘干。尽量少坐多站，避免便秘，排便要有规律。
轻微肛周囊肿如果程度严重，经过治疗，一般至少一个月左右的时间才能坐行自如了，但也因每个人的情况而异，年龄、身体素质、病情严重程度、有无并发症、是否合并其他疾病等这些因素会影响恢复时间。
