可采用以下方法进行治疗。手术治疗：唇裂修复和腭裂修复的时间不同。唇裂通常可以在宝宝两三个月时通过手术进行修补。对症治疗：对腭隐裂的患儿可严密监护，只有当出现喂养、听力或语音问题时才考虑进行腭裂的修复。
唇腭裂要初步诊断病患程度如何，然后通过手术而获得良好的预后，但前提是必须按照序列治疗的程序进行治疗。可以利用裂隙邻近组织瓣封闭裂隙，延长软腭，将错位的组织结构复位，以恢复软腭的生理功能。
治疗的方法有原则治疗的方法，明显提高大龄患者的腭咽闭合率，对腭隐裂的患儿可严密监护，只有当出现喂养、听力或语音问题时才考虑进行腭裂的修复。还有修复腭裂手术的治疗基本原则是延长软腭，闭合腭咽，恢复正常吞咽和发音功能。
唇腭裂是母亲在生长发育过程中一些不利因素造成的。这些因素可归纳为遗传因素和环境因素两大类，临床实践中经常发现唇腭裂患儿，在其直系或旁系亲属中，也有类似的畸形，这是由于某个基因的突变造成的。环境因素指的是胚胎生长发育的环境。母体是胚胎生长发育的温床，如果母体受到外界的干扰，就会影响胚胎发育。
遗传因素，唇腭裂的患者往往在其直系或旁系亲属中也可发现类似的畸形。营养因素，各种因素导致的孕妇维生素缺乏都会引起胎儿唇腭裂的发生。感染损伤，内分泌紊乱以及药物因素都会导致胎儿畸形。孕妇频繁接触x线或微波等，都有可能引起胎儿发育异常而导致唇腭裂的发生。有研究表明，吸烟饮酒也会造成胎儿唇腭裂的发生。
