耳朵内有霉菌感染时，会感到奇痒难耐。在治疗的时候患者要注意保持耳朵的干净，避免潮湿，可以在耳朵里面滴入硼酸溶液，这样可以起到收敛和抑制渗出的效果。可以外用复方酮康唑乳膏，具有抗真菌的功效。
建议患者不能频繁的抠耳朵，也不能进行摘耳手术，以免造成交叉感染。不能随便买滴耳液，否则会影响到外耳道的正常细菌环境。真菌性外耳道炎首先要确定自身的免疫系统疾病和糖尿病，要及时治疗才能缓解。
通常情况下，卡他性中耳炎可以通过口服消炎药物或滴耳液进行治疗。儿童怀疑是卡他性中耳炎，应及时、规范的治疗，可以缓解病情，减少并发症的发生，改善患者的生活质量。同时，对儿童进行及时的治疗，也能防止其发育不良，促进其健康成长。建议在治疗的过程当中，少吃辛辣刺激的食物，忌烟酒，保持充足的睡眠，少熬夜。同时要保持乐观的心态。
一般来说，耳朵上真菌感染可以使用药物治疗。
外耳道真菌感染，外耳道会出现豆腐块般的白色分泌物，外耳道和耳廓也会出现红肿、潮湿的情况。可以将外耳道的分泌物用温水清洗，然后用抗菌药物滴在耳廓上，持续使用一个星期，直至所有的外耳道和耳廓症状都消失，并保持干燥。在治疗过程中要避免食用辛辣刺激的食物，辛辣刺激的食物和酒精会刺激外耳道和耳廓粘膜，导致病情反复发作。
肺真菌感染属于深部真菌感染，需要给予抗真菌治疗。肺真菌感染一般多发生在机体免疫力较差的病人身上或者发生在服用激素、免疫抑制剂等引起机体免疫力下降的病人身上，所以需要给予抗真菌治疗，一般不会自愈，并且死亡率极高，最高可达70%。
一般情况下，脸部真菌感染的治疗方法有以下几方面：
患者可以先口服伊曲康唑胶囊，但需遵医嘱，用药前辅查肝功、血脂等，也可口服盐酸莫西沙星片、复方甘草酸苷片等，再用复方黄柏洗剂、晟露洗剂等冷湿敷贴，也可以用盐酸布替萘芬搽剂、盐酸特比萘芬乳膏等交替早、晚外涂。如感染较重，需预先进行皮肤无菌清创，再用碘化钾溶液、硝酸咪康唑软膏等交替早外涂，平时应忌辛辣、忌饮酒等。
皮下真菌病和全身性真菌病统称为深层真菌病。我国深部真菌病的发生率急剧上升，这与广谱抗生素、类固醇、免疫抑制剂、器官移植、导管手术、糖尿病、爱滋病等因素有关。可通过如下方式治疗：
1.临床上以念珠菌、隐球菌、曲霉菌等最多，治疗深部真菌性疾病首先要消除各种诱发因素；
2.其次要根据患者的具体情况选择不同的抗菌药物：两性霉素B是目前常用的治疗药物。
3.氟胞嘧啶、制霉菌素；咪康唑、酮康唑、克霉唑、氟康唑、伊曲康唑等药物都可用于治疗该疾病。