如果在腹腔镜下进行，创伤很小。一般可在手术后第二天或第三天出院。如果是普通剖腹手术，恢复时间会相对长一点。医生将视的康复情况而定。每个人的体质和恢复程度不同所以出院时间要咨询主治医生根据个人体质和情况决定出院时间。
巧克力囊肿手术时间不长，手术时间是需要2个小时左右，卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变。子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，每月脱落一次，形成月经。
巧克力囊肿手术一般为微创手术，通常一周左右可以恢复正常饮食，没有什么明显的饮食禁忌，对于新鲜的水果、蔬菜、鱼、虾、瘦肉、鸡蛋、牛奶均可以食用。但是对于比较特殊的食物，比如豆制品、豆浆、蜂王浆，尽量减少食用或者是不食用，因为此类食物中含有雌激素，会对子宫内膜异位的囊肿有一定的影响。
巧克力囊肿手术后，由于术后体质虚弱，身体抵抗力下降，术后要注意休息，加强营养，多吃富含蛋白质和维生素丰富的食物，有利于身体的恢复和伤口的愈合，少吃生冷，寒凉，辛辣有刺激性的食物。术后定期复查。
观察流血的量及持续的时间，如果量少，持续个三四天会自止。如果量多似月经量，持续时间也似经期，那就是月经来了。注意保暖及外阴卫生就行。这种暂时性的变化一般不会持续太久的，一两个周期后就能恢复正常。
巧克力囊肿的注意事项是，注意调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常。要注意自身保暖，避免感寒着凉。月经期要做好自身的保健，注意控制自己的情绪，不要生闷气，否则会导致内分泌的改变。
