肛门指检主要用于检查患者直肠下段，肛门至肠道内距离小于6-7cm的部分疾病。低位的直肠癌、肛管癌、良性肿物、直肠下段息肉、较大的痔核均可通过肛门指检发现。同时对肛瘘内口检查时需采取肛门指检。
肛门指检是肛肠科常用的、最基本的检查方法，肛管和直肠下端的疾病都可以通过直肠指检来做初步的诊治。比如直肠下端的肿瘤、直肠癌以及低位直肠癌等，都可以通过直肠指检来进行诊断。另外，肛乳头瘤甚至痔疮也可以通过直肠指检来诊断。
进行肛门检查，首先应当选择合适的体位，可选择膝胸位、截石位、弯腰俯卧位，有时也可以采取左侧卧位，选择合适的体位，对检查疾病有很大的帮助。首先应当进行肛门视诊，观察肛门的位置是否有异位变形等。然后观察肛门周围的皮肤及颜色，是否存在着红斑、糜烂、渗出，是否有肿物。
大部分的直肠癌的发病位置比较低，多发于直肠下端部位，而指检可以触摸到距肛周7-8cm深的部位，一般能够轻易发现内部高低不平的硬块，抽出手指的时候还能看到粘液和暗红色的血液。但是很多在早期会误以为是痔疮，或者惧怕肛门指检而放弃了这项检查，也因此错过了早发现的机会，直肠癌若不及时治疗，也会危害生命。所以要正确对待肛门指检，它可以有效的查出直肠癌。
肛门指检在100元-500元，肛门镜检查在200-300元，肛门指检是先做肛周局部按摩，然后将食指进入直肠仔细检查，明确直肠内是否有肿块结节，退出后观察指套上是否有血染。
