传染性软疣可以通过组织病理学检查、分子生物检测的方式诊断。
传染性软疣首先要做的是组织病理学检查，其中最常见的检查仪器是电子显微镜，电子显微镜下可观察到特应性软疣小体，并由病毒形态确定诊断。亦可作皮损标本分子生物检测，方便地测定传染性软疣病毒DNA，对传染性软疣进行诊断。
阴囊传染性软疣通过外用药物能够除根。
外用药物治疗时，局部药物浓度高，人体的系统吸收小，具有无痛、无创伤、疗效好、副作用小等优点，易于被孩子和父母所接受，但是见效缓慢，需要长期遵医嘱用药治疗。另外，激光、液氮冷冻、电灼等都是可以通过医生指导来进行的，也能达到彻底治愈的效果。
阴囊传染性软疣通常可通过用药、手术等方式根治。
当阴囊感染传染性软疣病毒后，则可能出现传染性软疣。在进行根治时，可遵医嘱用水杨酸、干扰素等药物，还可由医生在无菌条件下夹除或刮除传染性软疣，术后还可以用红霉素软膏来预防细菌感染。
治疗过程中要注意个人护理，不要发生性行为，不可与他人共用内裤、毛巾。
阴囊有传染性软疣，患者可以通过物理治疗、药物治疗等方式进行治疗。
1.物理治疗：患者课可以通过激光、液氮冷冻等物理方式进行治疗，能够使疣体坏死，从而达到治疗的目的。
2.药物治疗：患者可以遵医嘱使用维A酸乳膏、氟尿嘧啶乳膏等药膏进行治疗，能够腐蚀疣体。
恢复期间，患者应该避免性生活。
传染性软疣一般建议可以使用咪喹莫特乳膏、酞丁安乳膏等药物。
传染性软疣是由传染性软疣病毒感染引起的一种传染性皮肤病，可以用咪喹莫特乳膏治疗，这个药物临床疗效好，是一种安全、有效的方法。还可以使用酞丁安软膏，这个药物具有抗病毒的作用，可以涂于疣体表面。具体用药建议在医生指导下选择对症药物。
阴囊上长了传染性软疣一般会传染。
传染性软疣是一种传染性皮肤疾病，主要是传染性软疣病毒感染所致的，好发于颜面、手背和四肢末端等部位的皮肤，部分可见于生殖器，比如阴囊，但是一般都具有传染性。建议患者采取手术治疗、物理治疗或其他方式治疗，大部分预后良好。