肛瘘可以用消肿止痛洗剂坐浴，外涂膏药。急性发作期可以使用抗生素，但一般不要超过一周。严重可以进行手术治疗，手术治疗原则是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上逐渐愈合。
肛瘘一旦确诊要手术，吃药和打针都没有治疗意义。手术之后伤口完全长好，需要一个半月左右的时间。术后需要每天换药，换到伤口完全长好，要多休息避免运动，饮食清淡。
考虑还是存在肛瘘，它的治疗目标是尽可能减少括约肌损伤，消除肛瘘内口和任何相通的上皮化瘘管。到正规大医院肛肠科好好咨询检查明确诊断，如果病情轻的话，可以采用保守治疗。如果药物效果不好，或者病情继续加重，就需要做手术了，通过手术将瘘管全部切开。
这段时间饮食需要清淡，不能吃辛辣刺激性的食物，需要多吃新鲜蔬菜和水果，避免干燥。有囊肿肛瘘是需要通过手术来治疗的，用药是没有什么效果的，因为本身已经肛瘘里面都是脓了，必须切开，排出来之后才能完全治好的，所以现在需要去医院检查。
前期可以用药物治疗，但是只能缓解病情的疼痛，治标不治本。长久靠药物维持会使得体内的药物毒素堆积越来越多，导致肛瘘的反复发作，病情越来越严重。还有可能导致其他肛肠疾病的发生，病人要保持大便通畅，防止腹泻和便秘，以减少粪便对肛瘘内口的刺激每天用温盐水坐浴1到2次，勤换内裤，适当使用药膏等局部涂抹，或中药内服外用。
