巧克力囊肿并不需要切除子宫和卵巢的，只是做好囊肿摘除手术就可以了，子宫对于女性身体的重要性是很大的，不能轻易的切除，这样是会影响到身体健康的，这一点是不能有任何的忽视的，检查工作，一定要做好，以减少风险性，术后的复检也是需要做好。
如果已经怀孕了，密切关注孕酮变化及巧囊大小变化；妊娠也是对巧囊的一种治疗和控制。巧克力卵巢囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗。药物治疗包括：假孕疗法，假绝经疗法等，但只能缓解症状控制发展，停药后，即复发，故对卵巢巧克力囊肿多主张手术治疗，手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术，可行囊肿剥离术加卵巢成形术，不需要生育的，行半保守手术，即全子宫切除加患侧附件切除术。
手术之后至少休息一周的时间，在进行正常的活动，不建议过度的劳累，不要吃辛辣刺激生冷的食物，多注意休息，调整好心情，别喝凉的水和饮料，多吃些蔬菜水果，补充维生素增强微量元素。
巧克力囊肿破裂要进行手术。巧克力囊肿破裂会引起剧烈的下腹部疼痛。应去医院急诊就诊，然后行腹腔镜微创手术，或者直接行开腹手术，将破裂的巧囊切除，而且还要将盆腔内的巧囊液完全清洗干净。因为巧克力囊肿是子宫内膜异位导致，如果不及时清理干净，就会导致内膜在腹腔各处异位生长。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现。巧克力囊肿一般恶变率很低，但极个别有恶变的可能性，如果肿瘤指标异常，短期内肿瘤又快速增大，超过5厘米，怀疑恶变，应该尽快手术。如果囊肿体积在三、四公分以内，可以采用保守治疗的方法，只要注意定期复查，观察囊肿的生长情况即可。一般建议3-6个月查一次，如果囊肿体积变化不大，超声下囊壁的回声没有异常，也没有其他的生育要求，可以先进行保守治疗，不用做手术。
卵巢囊肿虽然有危害，但是影响是很小的，患上卵巢囊肿到底严重不严重也是要根据疾病的性质来决定的。囊肿太大对身体都是不利的，要采取手术治疗。但是单发的，一般不大于五厘米的，就没必要选择手术治疗。对于大多数的女性而言，做手术都是有影响的，虽然说手术可以直接切除，达到治疗的目的，但是手术后也是会落下病根，甚至会因为做手术而引起身体的虚弱。所以不必要手术的情况下千万不要盲目的去选择。
