肛瘘应该用手术的方法进行治疗。是肛周脓肿或者是肛肠部位外伤引起的，应该到医院检查，查清病因，配合医生做好检查和治疗工作。要多喝水，多吃新鲜的蔬菜和水果，不要吃上火的食物。
当肛瘘感染化脓时，可借用消毒的针头挑破外口，清除脓液，既可缓解胀痛，又能预防脓液向其它部位蔓延。当肛瘘的分泌物增多时，内裤要勤洗勤换、暴晒灭菌，亦可用肛门带保护肛门，以免过多污染内裤。局部保养可常用清热解毒的中草药，煎汤外洗。
得了肛瘘要到相关机构挂肛肠科。要及时采取针对性的治疗，同时注意卫生。多喝水，多吃水果蔬菜，少吃辛辣油腻食物，避免上火和保持大便通畅还有轻松愉悦的心情，不要忧郁烦躁。
肛瘘是感染性疾病，平时要多注意卫生，尤其是肛门部位的卫生情况，应该及时的清洗尤其是大便之后。平时多注意换洗衣服，养成良好的大便习惯也很重要的，应该在每天早上起床后定时定点的大便，排便一定要排干净了，这样就会防止肛门周围有感染的情况。
电疗仪治疗，运用现代肛瘘电疗仪的高温物理技术治疗，利用电弧放电产生高温，对局部组织进行烧灼，以切开肛瘘达到治疗目的。冷冻治疗，适用于低位单纯性肛瘘的治疗，是利用液氮使瘘道发生凝固性坏死。继而脱落，形成新的创面而自愈。
