儿童出现反复咳嗽，眼部红肿，伴有发热表现，口服药物对症支持治疗未见好转，可能与支原体感染有关。可以口服抗生素进行抗感染治疗，连续治疗三到五天为一个疗程。此病治疗时间长的，并且也容易反复的，给孩子要多喝水的。
支原体肺炎病程需要结合感染面积大小。如果感染面积比较小，可能需要7-10天。如果感染面积比较大，至少需要12-14天。因为感染面积大，需要做支气管镜肺泡灌洗术，再用大环内酯类抗生素序贯治疗。如果痰液比较多，可能需要做第2次肺泡灌洗。
小儿支原体肺炎抗阳性要21天，治疗支原体转阴。平时儿童支原体感染一般指肺炎支原体感染。儿童支原体血清学抗体转阴时间个体差异比较大，短则一周，长则2-3个月。如果抗体阳性，是否需要给予抗支原体治疗，应结合孩子临床表现和肺炎支原体PCR检测综合判断。
支原体肺炎引发的咳嗽，可以咳半个月或者是长的可以达到1个月左右才可以恢复。由于支原体感染呼吸系统之后，会导致呼吸系统的炎性反应。支原体感染的炎性反应与细菌和病毒之间有明显的区别，气道高敏感反应程度要比细菌和病毒的高敏感性更强。
支原体肺炎通常一周左右会缓解，两周后会好转。病情较轻的病人是可以痊愈的，无需特别的治疗。
如果是比较严重的感染，比如咳嗽、咳痰、胸痛、胸闷，或者是有其它的并发症，可以选择红霉素、阿奇霉素等大环内酯类的抗生素，也可以选择喹诺酮类的抗生素，比如左氧氟沙星等。
一般疗程需要半个月到一个多月的时间，要时刻注意观察患者的情况，避免延误治疗时间，从而降低效果。
肺炎治疗疗程一般在4周以上，一般支原体感染的肺炎病程是2周-4周，若经过抗生素规范治疗一周以后仍然存在发热、咳嗽、胸痛、胸闷等症状，可能会发生难治性支原体感染性肺炎。
