如果是恶性无论直径大小均应当考虑及时处理。目前对于胃间质瘤，腹腔镜下手术治疗。如果良性的可以保守治疗，也可以服药治疗，如有不适症状或者瘤体增大者及时手术治疗。
如果是良性的，手术以后就能治愈，不会影响正常的寿命。如果是恶性的，大多都容易复发，不能切除者生存期大约在9~12个月左右，原发灶切除彻底无转移病灶者最长可存活5年左右。
通常情况下，食管间质瘤患者需要做影像学检查、细针穿刺活检等检查。具体情况分析如下：
影像学检查：食管间质瘤是原发于食管内除平滑肌瘤或神经源性肿瘤之外的另一类间叶源性肿瘤，食管间质瘤患者可以通过做CT检查明确肿瘤的部位、大小及侵犯范围，做MRI检查显示肿瘤内坏死、出血、囊性变及周围脏器。
细针穿刺活检：食管间质瘤患者可以通过做细针穿刺活检判断肿块的良恶性。
间质瘤是一种具有潜在恶性倾向的侵袭性肿瘤。良性的间质瘤如果能够给予积极的手术治疗，是能够完全达到临床治愈的。而恶性间质瘤由于其生长较为缓慢，淋巴结及血行转移较少，如果能早期发现和手术切除，术后再配合基因靶向之类的药物治疗，同样能够获得很好的生存期，甚至是长期生存，达到类似临床治愈的效果。
通常情况下，对于胃间质瘤，如无手术禁忌，则需行外科手术，胃间质瘤则采用腹腔镜下手术，胃底部及胃体部的胃间质瘤则需行胃楔形切除术。切除范围为1~2cm，除肿瘤外，尚有正常胃壁组织。
如果是中高危病人，可以选择伊马替尼作为一种靶向药物。术后要注意饮食，尽量少吃，尽量少吃，尽量少吃东西，术后要定期随访，胃镜检查一年以内。
