同属微生物，但两者在生物类型、结构、大小、增殖方式和名称上却有着诸多不同，细菌没有核膜包围形成的细胞核，属于原核生物。真菌有核膜包围形成的细胞核，属于真核生物。
霉菌性阴道炎和细菌性阴道炎的区别就在于致病菌不一样，霉菌性阴道炎一般是白色念珠菌感染，感染易导致分泌物多，豆腐渣样的白带或者伴随瘙痒的情况，但是考虑细菌性感染易导致臭味，泡沫状分泌物可能大。而细菌性阴道炎主要有加菌增多。
病情诊断。龟头炎，细菌感染通常以化脓、渗出为主，而真菌感染，以龟头潮红、搔痒、分泌物多，清洗时包皮垢明显增多为主。细菌性龟头炎，通常使用碘伏消毒后，涂药物软膏。而真菌感染性龟头炎，使用碘伏消毒后，涂药物软膏进行治疗，并且性伴侣、脚癣都要进行治疗。
一般情况下，真菌性湿疹是指湿疹由真菌性造成的，可以用马来酸氯苯那敏片、丁酸氢化可的松软膏等药，具体内容如下：
湿疹继发真菌感染是有可能的，表现为红斑、丘疹等症状，局部有凸起，上面覆盖着细小的鳞屑。在治疗上可以使用抗组织胺类药物来治疗湿疹，同时要注意使用抗真菌的药物。抗组织胺类药物有马来酸氯苯那敏片、丁酸氢化可的松软膏、盐酸特比萘芬软膏等药物进行治疗。
霉菌也是由真菌感染造成的，因此没有哪一种更为严重这类说法。
正常人群生殖道和消化道等处均可发生真菌感染，如果无炎症感染现象霉菌就不发生病变，只是人体免疫力系统发生障碍，引起抵抗力低下可发生霉菌感染。
可在医师指导下使用抗真菌药物进行治疗，在治疗过程中不能私自停药、换药，避免使病情恶化。
细菌性龟头炎和真菌性龟头炎的区别主要是由于龟头炎的感染源不同。细菌性龟头炎指龟头感染了细菌引起的局部炎症，而真菌性龟头炎指龟头感染了真菌引起的炎症。对于细菌性龟头炎，要进行分泌物培养，明确哪种细菌后进行抗感染治疗。对于真菌性龟头炎，最常见的为念珠菌感染，需对局部的龟头进行清洁处理。
