一般来说，包皮上长的水泡主要原因有生殖器疱疹以及包皮龟头炎，需要根据实际情况进行消除。具体分析如下：
生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒感染引起，可以引起包皮水泡，患者可以在医生的指导下使用阿昔洛韦乳膏进行治疗，可以出现消除。包皮龟头炎一般与包皮过长、局部卫生差等因素有关，患者可以在医生的指导下使用碘伏清洗包皮及龟头，然后在医生的指导下口服头孢类抗生素，感染控制后水泡可消失。
此外，如果症状严重应该及时前往医院就诊治疗，以免耽误病情。
有珍珠疹等病患的可能，珍珠疹的病因尚不明确，无明显症状，也不具有传染性，可以到医院就诊检查以明确诊断，如诊断为珍珠疹可无需特殊治疗，保持清洁卫生即可，也可考虑进行激光治疗，如有包皮过长，可进行包皮环切手术治疗。
生殖器上长水泡可能是龟头炎和生殖器疱疹引起的，在疱疹早期发病的时候，患处会有一些红斑、丘疹、水泡，数个或更多个，继可成为脓疱、糜烂或溃疡。伴有瘙痒或疼痛。至少持续l周-2周后，损害结痴、愈合。一般3周-4周皮损消退，但可发生新的损害。不管是龟头炎还是生殖器疱疹都应及时去当地正规医院选择科学的方法及时治疗，以免病情恶化。平时也多应该注意局部卫生，勤洗澡勤换衣，不抽烟、不酗酒、养成良好的生活习惯。
由于没有看到具体情况，无法给出明确的判断，不排除有，生殖器疱疹的可能。最近有没有不洁性生活史，如果有这种，可能是很大的，所以去当地医院泌尿外科看一下，明确诊断之后再进行下一步治疗。
阴茎内包皮里长了个针孔大的小水泡。如果没有什么症状，也就这么一个继续观察一下，保持阴部清洁，每天用清水清洗一次，清洗时要翻开包皮清洗龟头冠状沟，如果有痒痛症状又有不洁的性生活，是不能排除感染疱疹病毒的。淋球菌感染通常会有脓性分泌物，支原体检测包括人型和解脲原体，这是一组的都需要检测。
