含氟、含抗生素、含硼砂、氯已定的漱口水都最好不好长期使用。长期使用能引起味觉改变。但是别的漱口水是对口腔内的粘膜进行消毒，所以对牙齿基本上是不会有害处或是副作用的。
会造成口干，灼热，长期使用治疗性漱口水容易使牙齿及口腔黏膜表面着色，使味蕾的味觉降低，并抑制唾液的分泌，造成口干，灼痛等不适症状。因此药物性漱口水需要在指导下有选择地使用，不能自行长期使用。
一般情况下，龋齿痛可以用氯己定漱口水。但是用漱口水并不能治疗牙疼，漱口水只能辅助保持口腔卫生。龋齿痛的原因可能有很多，包括龋齿、牙髓炎、根尖周炎等。
建议患者及时到医院完善相关检查，明确病因后进行对症治疗，改善不适。同时建议患者在平时要保持口腔部位的清洁卫生，饭后漱口。平时也要少吃辛辣刺激的食物，忌烟酒，保持充足的睡眠，少熬夜。
孕妇在怀孕期间，由于体内激素水平的升高，往往60%以上的孕妇会出现牙龈的水肿，感染牙龈炎，牙周炎的机会相对增多。在刷牙的时候往往会出现出血的现象，所以这种孕妇往往选择漱口水，所以孕妇是可以用漱口水的。但是要孕妇使用好的漱口水，也可以到口腔门诊去购买专业的漱口水。
牙周病用0.2%的氯己定含漱液比较好。
现在牙周病的治疗方法是0.2%的氯己定含漱液，这是一种具有很好的抗菌活性的广谱抗菌剂，可以有效地抑制革兰氏菌的生长，也可以抑制实验性的龈炎。在进行完牙周术后的时候，可以通过含漱来降低细菌斑的产生，促进组织的恢复，一些不能采取有效的口腔清洁的方法，可以使用氯己定含漱来抑制细菌的斑点，目前也有大量的试验证明，氯己定含漱剂可以有效地抑制细菌的产生，而在牙周炎方面，患者建议使用0.2%的氯己定含漱液。