神经外科是主治由于外伤导致的脑部疾病，例如车祸致脑部外伤，或脑部有肿瘤压迫需手术治疗等；神经内科主治内科病症，如老年痴呆、中风、脑梗死、蛛网膜下腔出血、脑出血、抑郁症等。
神经外科针对的疾病，包括颅内良性肿瘤或者恶性肿瘤，例如胶质细胞瘤以及需要手术的羊癫风病，需要手术的血管畸形，需要手术的脑动脉瘤，脑外伤之后硬膜下、硬膜外血肿达到了手术的程度等都属于神经外科疾病。
神经内科与神经外科区别在于治疗的主要疾病不同，治疗的手段也不同。神经内科主要治疗脑梗死，脑出血，后循环缺血，头晕头痛，癫痫，脑炎，周围神经病，面瘫，失眠，重症肌无力，多发性硬化，脊髓炎等，治疗手段是内科药物治疗。神经外科也治疗脑梗死，脑出血，但仅限于大面积脑梗死需要去骨瓣减压时，或者大量脑出血需要开颅行血肿清除术时，此外，脑肿瘤，脑外伤，脑血管畸形都是神经外科疾病，治疗手段以手术为主。
神经内科是一门独立的二级学科，它主要治疗脑血管疾病，脑部炎症疾病，痴呆，癫痫，脊髓炎，代谢病，遗传疾病，神经系统变性性疾病，重症肌无力，神经内科大多数是用药物来治疗的，神经外科是用手术来治疗的。
神经内科主要治疗人体神经系统疾病。比如头痛，包括偏头痛、丛集性头痛、紧张型头痛等；脑血管疾病，包括脑梗死、脑出血等；神经系统变性疾病，包括运动神经元病、老年痴呆、多系统萎缩等；中枢神经系统感染性疾病，包括病毒性脑炎、结核性脑膜炎、朊蛋白病、脑寄生虫病等。
