手术一般要分三次做，首先需先造瘘，使患儿粪便能排出来，这种手术相对简单，然后再根据患儿体质情况，发育情况，再择期手术做肛门手术等孩子一周岁以后再做第三次手术。
手术后，有必要检查孩子的食欲是否有所改变。这些天不要感冒，或者注意调节孩子的饮食。它是由先天性发育差异引起的。然而，手术后进行监管通常更安全。多注意观察一段时间，然后去医院复查。不要吃生冷食物，加强营养。
婴儿先天性肛门闭锁可以进行治疗，但只能通过手术治疗。此外，肛门闭锁分为几种类型。具体应该据当时检查的医生来判断。因此，医生应该积极配合治疗。这种疾病是畸形中最常见的疾病，所以不必感到太悲伤。
先天性低位肛门闭锁是小儿常见的直肠肛门发育畸形。以往对于不合并瘘管的肛门闭锁常规采用原位“X”切开，而对于合并皮肤病或外阴瘘者则多采用肛门后切术或V形肛门成形术进行治疗。
先天性肛门直肠畸形占小儿消化道畸形之首位，一般采用腹腔镜肛门成形术：通过腹腔镜在微创情况下，建立一条隧道，将直肠在会阴部做吻合，是最佳手术方式。或是尾路肛门成形术，腹会阴肛门成形术等。根据MRI的临床分类制定不同的手术方案。
