女性支原体、衣原体可以通过药物进行治疗。
妇科支原体、衣原体感染一般都是用一定量的抗生素进行治疗，一般情况下可以将其分离出来，然后进行药物敏感性测试，以确定哪些抗生素比较敏感，然后进行相应的治疗。常用的抗生素有红霉素、阿奇霉素等。对于支原体、衣原体等，一般不能使用其他的广谱抗生素。
大多数由衣原体引起的肺炎都需要使用抗生素，如阿奇霉素或红霉素。支原体、衣原体感染所引起的肺炎在临床上主要表现为痰少，干咳，而且在夜间比较明显，有些患者还会出现头痛咽痛的现象。这种疾病比较常见于青少年和儿童在成年人群中是比较常见的。这种疾病主要是通过X线影像学进行检查作出的判断。在进行治疗期间，还应该谨遵医生嘱托，不用药物，不要擅自用药，避免对身体的健康造成影响。
支原体、衣原体感染一般不需要太担心。对于支原体、衣原体的感染，目前最主要的方式就是抗感染治疗，抗感染治疗一般选用大环内酯类的药物，对于一部分症状比较轻的患者，也可以不治疗。因为支原体衣原体的感染具有自限性，适当使用抗感染的药物，可以明显缩短病程减少并发症。
支原体衣原体尿道炎，是一种慢性的尿道炎，治疗时需要的时间会相对长些，一般而言，对衣原体感染有效的药物对支原体感染也有效。必要时，可采用四环素类药物、大环内酯类药物等治疗生殖道支原体感染，疗程为1～2周。治疗前要先到正规医院去做药敏试验，确定患者对哪一种药物敏感后，再采用敏感的药物进行治疗，治疗期间清淡饮食，避免辛辣刺激、油腻食物，多喝水，注意休息，避免劳累。会阴部要经常清洗，期间不要同房。
可以用中西结合疗法来治疗的，可以先做前列腺液的细菌培养加上药物敏感实验，根据检查的结果找到致病菌和敏感抗生素，然后选择敏感的抗生素来治疗，另外可在医生指导下服用药物，具有的抗菌消炎作用，能够减少炎性细胞浸润，减轻前列腺组织炎症反应，改善前列腺组织病理损伤，增加卵磷脂小体数量，对前列腺及精子起到保护作用，有效应用于前列腺炎症的治疗。
