较小的囊肿不适症状暂时不用治疗，较大的囊肿需要尽早手术，平时注意不要刺激囊肿部位，以免引起感染。囊肿是局部组织出现囊样变化，是与炎症，先天性发育，外伤，自身体质等多因素有关系，囊肿可以长在身体各个部位。
小孩生殖器囊肿通常是皮口或尿道外口。
包皮口囊肿在包皮交界处，治疗以手术切除为主，若包皮囊肿较大，建议进行包皮环切。若囊肿在尿道外口，建议进行囊肿剪开或剥离，创面要垫住缝合。囊肿具体病因不明，是一种良性病变，切除后没有不良的反应，术后要留置尿管预防，预防切口感染，感染会难以愈合，容易形成瘢痕。也可以选择注射治疗，生殖器部位不建议用注射治疗，防止不良反应。通常囊肿不会很大，早期可以观察，多数预后良好。
卵巢囊肿手术治疗的方法，由自身综合情况来选择的。如果，年龄比较大，没有生育要求了，可以选择同时切除卵巢，这是指卵巢上是良性的肿瘤，如果卵巢上的肿瘤是恶性的，那就是必须要切除卵巢了。
附睾头囊肿一般都比较小，不需要特殊的治疗。附睾分为头部、体部和尾部三部分，附睾是精子成熟的场所，附睾头部会分泌大量的附睾液，促成精子的成熟。同时，附睾也是精子运输的通道，附睾囊肿都是偶然发现或者做彩超提示有囊肿，囊肿是良性的病变，一般是不需要处理的。
宫颈囊肿是慢性宫颈炎的病理类型，是由于宫颈腺管堵塞使分泌物排出障碍引起的。宫颈囊肿有黄豆大小，可以做利普刀或者微波治疗，术后要2个月不能性生活，半个月不能盆浴。
