氯氮平的相对严重的副作用是白细胞下降，属于较危险的副作用，需要定期检查血常规，观察白细胞是否有异常。若白细胞数量轻微下降，可服用增加白细胞类的药物，若白细胞下降较明显，需到血液科进行治愈。
氯氮平的副作用，有以下几种，镇静作用强和抗胆碱能力有不良反应的角度，常见的有头晕、无力、嗜睡、多汗、流口水、恶心、呕吐、口干、便秘，心动过速。常见食欲增加体重的增加。可引起心电图异常改变，可引起脑电图改变或癫痫病的发作。严重不良反应为粒细胞缺乏症以及继发性感染。可引起尿失禁和中枢系统紊乱。
氯氮平的维持量，基本为100毫克到200毫克，病情稍微严重，每日量为200-400毫克，最大剂量不得超过600毫克，氯氮平药的维持量最低可到0.5毫克，但有个体差异，不是每个人都一样的，需郑重其事，为了摆脱其西药，寻求治好。
氯氮平作为非经典抗精神病药物的代表，有着不可取代的地位，因为氯氮平的作用非常广泛。氯氮平治疗精神病的效果特别明显，可以治疗精神分裂症，可以治疗双向情感障碍躁狂发作，也可以用于锥体外系副反应的治疗，但是因为氯氮平有个特别严重的副反应，粒细胞减少。
氯氮平不能治疗糖尿病，氯氮平可能有类似的低血糖症状，但并不意味着可以用来降血糖。
众所周知，糖尿病的主要症状是血糖升高。控制血糖的升高是控制糖尿病病情的关键。而氯氮平实际上不会导致使用者血糖降低，但会引起血糖升高，一方面会使患者出现类似低血糖的症状，产生进食欲望。另一方面出现高血糖，所以高血糖症状更严重。所以糖尿病患者最好不要用氯氮平。此外，氯氮平还可引起心脏病、癫痫、粒细胞感染等。它是一种药效强、副作用大的药物，临床上一般不作为首选。
长期服用的后果会直接影响肝、肾、脑等功能。而且氯氮平片的副作用是，镇静作用强和抗胆碱能不良反应较多，常见有头晕、无力、嗜睡、多汗、流涎、恶心、呕吐、口干、便秘、体位性低血压、心动过速。
