囊肿不会癌变，但有些癌在病变过程中会长成囊肿。囊肿的囊壁是一层膜状结构，其内皮有分泌功能，能分泌浆液，如腱鞘囊肿、肾囊肿等，这些囊肿是良性病变，不会癌变。而在一些癌性病变，当肿块中间发生缺血坏死，坏死组织液化并被包裹，形成囊性结构，或一些恶性病变中具有一定的分泌功能的癌细胞逐步增长，形成囊性结节，就是癌性囊肿，如粘液囊腺癌。
皮下囊肿可能会癌变，但概率极小。
如果皮下囊肿患者有囊性畸形，那么恶性的可能性较大，一般都是良性的。皮下囊肿切除后需要做好组织切片检查，主要是皮脂腺囊肿，皮样囊肿，皮样囊肿等。通常情况下，头部、面部、筋、躯干等都需要外科手术，如果不是感染或者囊肿，可以完全切除。局部皮肤要不要切掉，要看与周边的肌肤情况。当然，部分缺损的皮肤是可以避免再次出现的，这要看其体积，如果是比较大的，可以尽可能的保存周边的肌肤。
通常情况下，精囊囊肿不会癌变。具体情况分析如下：
精囊囊肿为精囊的良性病变，多发生在性功能旺盛期，因此精囊囊肿不会癌变。精囊囊肿比较小的时候，一般不会导致明显的临床症状。但是当精囊囊肿比较大的时候，可能会出现射精疼痛、会阴部胀痛等症状。
精囊囊肿比较大的时候，患者可以通过经会阴引流囊肿进行治疗。
此外患者在日常生活中，应养成保持私处的清洁、干燥、勤换贴身衣物、保持一个良好的心态等良好的生活习惯，以促进身体的恢复。
纳氏囊肿是有可能会癌变的。纳氏囊肿位于宫颈柱状上皮、鳞状上皮交界区。在进行互相转化的过程当中，腺体的腺管发生堵塞，囊内物分泌不出来引起，是宫颈鳞、柱交界区的标志物，同样具有正常的生理功能，但是囊内液分泌不出来，有可能会发生腺体病变，甚至癌变。
腱鞘囊肿一般都不会病变的，这个主要是属于良性的增生而已，因为局部受压出现腱鞘炎的表现，因为没有及时治疗，导致出现起包的情况，已经明确诊断为腱鞘囊肿。由于劳损引起，大多没有特殊不适，一般不会癌变。腱鞘囊肿如果长期刺激，或者是由于局部囊肿破损之后没有得到有效的治疗，这样也会有可能会出现有病变的可能。
