一般情况下，手足口病、口腔疱疹可以采用以下方式进行治疗：
1.手足口病：患有手足口病，患者可以在医生指导下使用利巴韦林颗粒、布洛芬混悬液、对乙酰氨基酚混悬滴剂等药物进行治疗。平时做好防护工作，不要抓挠患处。
2.口腔疱疹：患有口腔疱疹，患者可以遵医嘱使用甲钴胺片、盐酸伐昔洛韦颗粒等药物进行治疗。平时注意口腔卫生。
口腔疱疹指疱疹性咽峡炎，而不是指单纯疱疹，因为单纯疱疹出现在口周、嘴唇附近，可以出现在皮肤上，并不是在口腔之内，手足口病的皮疹除了口腔之内，还可以出现在手心、脚心、肛周，皮疹的形态主要是红丘疹、疱疹。
口腔疱疹是手足口病，可以到医院皮肤科检查，以明确诊断。一般不需要住院治疗，在家注意做好隔离措施，预防交叉感染。对症治疗，可以口服抗病毒的中草药，这种病毒感染没有并发症，一周左右能治好。
疱疹不是手足口病，但是手足口病会在手、足、口、臀四个位置出现疱疹。疱疹是由疱疹病毒引起的，而手足口病是由肠道病毒导致的一种具有传染性的疾病。家长不能判断，尽早去医院就诊检查，进行对症治疗，必要时在医师指导下，服用抗病毒药物进行治疗。
手足口病患者的口唇附近有散状疱疹或者溃疡，会导致口腔粘膜瘙痒、疼痛，从而影响到吃饭。大部分轻微的患者，身上的疱疹不会感觉到疼痛和瘙痒，通常会在一周后慢慢消退，形成硬皮。
但也有少部分重症手足口病的病人，在感染后会很快发作，全身都会出现大量的疱疹，有的还会形成大片的疱疹，一旦疱疹破裂，就会导致溃疡、溃烂，周围的组织也会变得肿胀、发炎。此时的手足口病疱疹除了会瘙痒外，还会出现一些疼痛的症状。