转氨酶升高是乙肝大三阳抗病毒治疗的最佳时期，转氨酶升高提示肝细胞出现炎症性损伤，但也表明机体免疫系统，已从消极防御转为积极主动，恰好是抗病毒治疗的好时机，通过免疫调节产生大量内源性细胞因子，再配合抗病毒药物能起到事半功倍的效果，这种多途径、多位点、清除加抑制达到临床上的高疗效与低复发。
乙肝大三阳患者有病毒的复制，不经过积极的治疗，一般不会自愈。患者此时需要进一步抽血查乙肝DNA以及肝功能，必要时候查上腹部的彩超以及胃镜检查。如果乙肝DNA提示病毒有复制，而且合并有谷丙、谷草转氨酶的升高。此时就要积极的考虑行抗病毒治疗，可以口服药物。
大三阳，HBVDNA阳性，肝功不正常或经微波动，但ALT(或AST)小于正常值上限的二倍。应该做肝穿活检，如果肝内有炎症和纤维化(大于G2或大于S2)就应该抗病毒治疗。如果不愿意做肝穿活检，暂时可些保肝药，或不用药观察，在观察过程中，如果遇到ALT升高大于正常值上限的2倍，即开始抗病毒治疗。
乙肝大三阳是乙型肝炎的相对比较重的病理状态，肝功能正常的患者仍旧需要接受治疗。
在HBV的血清学检测中，发现乙肝表面抗原和中心抗体呈阳性，表示身体受到了HBV的影响，HBV的E抗原呈阴性，说明人体的肝脏和血清中的乙肝病毒的增殖活动，这个时候人体内的病毒浓度很高，并且有很高的传染性，因此，如果肝功能没有问题，还需要使用抗病毒的药物，并且在使用抗病毒药物后，不能随便停药，如果是乙肝表面抗原转阴性，那么就可以停止使用。
乙肝患者要定期做肝功能和B超检查，因为乙肝大三阳中有10%-20%的人会发生，所以要定期做检查，及时治疗。乙肝大三阳一旦发生，需要进行抗病毒治疗，主要有两种，一种是注射干扰素，一种是一周一次的长效干扰素，一周一次的短效干扰素，两天一次，持续2年。第二种是口服的核苷类抗病毒药物，目前临床上常用的有恩替卡韦、替诺福韦等，其治疗周期不确定，一般需要3-5年以上。
