保守治疗无效者可采用手术治疗，主要目的是缩小鼻腔、减少鼻腔通气量、降低鼻粘膜水分蒸发和减轻粘膜干燥和结痂形成。手术方法：鼻腔外侧壁内移加固定术；前鼻孔缩小术，两侧可分期进行，约1.5年鼻粘膜基本恢复正常后重新开放前鼻孔；医用人工生物陶瓷粘骨膜下埋藏术。
萎缩性鼻炎不能治疗好，萎缩性鼻炎尚无特效疗法，宜局部和全身综合治疗，局部治疗可用无菌温热生理盐水鼻腔冲洗脓痂，另外可以采取手术治疗，平时要适当的运动锻炼，增强体质，会对于身体恢复有帮助的。
严重者采用手术治疗的方法，目的是为了减小鼻腔空间体积和通气量，从而缓解黏膜干燥，常采用的手术方法有前鼻孔闭合术等，症状不太严重的患者用保守治疗的方法，每天冲洗鼻腔，用温热的盐水可起到清洁鼻腔的作用，促进鼻腔黏膜血液扩张以及循环。
萎缩性鼻炎一般是不会癌变的，萎缩性鼻炎在干燥的环境下会出现鼻痂，周围的黏膜会受到损伤，小血管就会出血，引起回缩性血鼻涕。萎缩性鼻炎在呼吸的时候气流会直接从鼻子到达气管的部位，会引起身体不适。
萎缩性鼻炎可能会癌变，萎缩性鼻炎是慢性的鼻腔慢性炎性疾病。病的特点是会导致鼻黏膜干燥、萎缩，鼻子里会有黄绿色脓痂形成。疾病与细菌感染，吸入有害气体或者手术不当有直接或者间接的关系。不但会对人体的嗅觉和呼吸有影响，还可能诱发各种炎症。
萎缩性鼻炎是可以治好的，可以采用中西医组合新疗法治疗该组合配方的中药的治疗机理是消炎、杀毒、再生修复一步到位，药物治疗可以修复被细菌侵蚀过的鼻黏膜，在鼻黏膜上建立防护层，有效阻止病毒菌侵入，使鼻炎不再复发。