一般是可以治疗好的。通常都是采用手术治疗。方法有腹会阴肛门成形术，尾路肛门成形术，腹腔镜肛门成形术，骶会阴肛门成形，腹会阴肛门成形，或会阴肛门成形：在会阴中央或可激发环形收缩区的中间,做X形切口，长约1.5cm，切开皮肤，翻开4个皮瓣，其下方可见环形外括约肌纤维。
一经诊断，根据情况选择行合适的手术治疗。低位无肛未合并瘘管者或者瘘管极细无法维持排便排气者，可行会阴肛门成形术。低位型合并直肠舟状窝瘘、直肠皮肤瘘、肛门狭窄和瘘管较粗着可先行扩肛。
该病是先天性疾病，外观看不见肛门在何位置。可根据类型选择腹会阴肛门成形术，尾路肛门成形术，腹腔镜肛门成形术等。如肛膜较厚者，可切开皮肤和直肠，将直肠粘膜下牵，与皮肤缝合。术后扩肛，每周2～3次，直至肛门无狭窄为止。
婴儿胆道梗阻可以治好。应该尽快的采取手术治疗了。胆管阻塞可能会导致胆汁无法顺利地排入到消化道，有可能会引起胆红素偏高，也有可能会造成重症的胰腺炎，而这样常常会危及生命。
对先天性肛门闭锁的治疗，均以手术为主。肛门闭锁的手术根据类型不同，选择不同的方法。如低位锁肛：常规消毒不用局麻也可，只要将会阴部皮肤切开，稍加分离，然后进行扩张，就可以治愈。
可采用腹会阴肛门成形术，尾路肛门成形术，腹腔镜肛门成形术或腹会阴肛门成形术：在会阴部、腹部做切口，将直肠游离，从盆腔至会阴做条隧道，将直肠穿出，与会阴皮肤吻合。这种情况孩子先天性肛门闭锁手术后肛门失禁，需要注意肛门清洁卫生，饮食清淡规律。
