治疗肺脓肿的药物主要有青霉素类药物和大环内酯类药物。肺脓肿确诊后要及时进行治疗，首先要用抗生素进行积极的治疗，抗生素要覆盖厌氧菌，比如青霉素、甲硝唑、奥硝唑、克林霉素、林可霉素等，另外还要加强痰培养的检查，可以根据药敏试验更换抗生素。其次要重视痰液的引流，主要有体位引流和化痰的药物，氨溴索、桉柠檬碱、乙酰半胱氨酸等。如果出现高热症状，可以口服一些解热止痛的药物，比如美林、洛索洛芬钠、阿司匹林等。如果病人有休克症状，应进行静脉输液，并应用血管活性药物。
肺脓肿得治疗15天到20天。具体时间也需要结合病情的轻重程度以及个人的体质决定。出现肺脓肿之后，在早期要在医生指导下及时选择抗感染的方式进行改善，通常病程的时间很短，大概20天左右能够治愈。如果患者没有及时治疗，可能导致病情越来越严重，因此需要选择抗生素类的药物进行改善，整个病情可能会超过20天。也可能会成为慢性肺囊肿。
得了肺脓肿患者护理应该注意多休息，不要着凉，出现感冒的症状，戒烟戒酒，在饮食方面也应该有所调整，要以清淡的食物为主，可以多吃一些维生素和蛋白质的食物。如果患者出现肺脓肿，在此时营养一定要跟上，在日常生活中还应该多给患者喝水，这样能够将脓性痰咳出。翻身拍拍背部，必要时使用振动咳痰器辅助咳痰。患者还可以进行雾化治疗，配合患者进行更好的痰液引流。
肺脓肿可用金银花、牛蒡、桔梗、淡竹叶、薄荷等中药治疗。除这些药材外，还可用芦根、薏苡仁、桃、连翘等。这些食物对治疗肺脓肿也很有效。肺脓肿也与咳嗽有关。可以吃一些止咳化痰的食物，如枇杷、梨等。八味痰香丸是一种口服中成药。成分包括檀香、天竺黄、红花、丁香等。规范用药可清肺热，化脓止血。疾病，促进肺部健康的恢复。
血源性肺脓肿是由于皮肤受到外伤感染或痈疖感染，而引起的内毒血症。脓毒血症栓会通过血液传播至肺部，使两肺出现炎症、坏死以及脓腔。血源性肺脓肿大多是金黄色葡萄球菌，合并成脓毒血症，因此治疗应选择抗菌治疗。在选择敏感的抗生素治疗时，应留取痰液，血液作为标本培养，以此进行抗生素的治疗。在当前治疗血源性肺脓肿，选择抗生素通常效果会比较。
