肛瘘手术后一般复发可能性低，复杂性肛瘘术后复发可能性增高，注意饮食清淡规律避免便秘，忌辛辣刺激食物以及发物，注意肛门清洁卫生，术后应用消炎药物治疗避免感染，定期复查肛检。
肛瘘发病初期流脓较多，色黄而稠，粪臭味重。久之，脓液逐渐减少，时有时无，稀淡如水，如果过于疲劳，则脓液增多，可有粪便流出。有时瘘管外口可暂时封闭，但不久病人又会出现发烧、局部肿痛，封闭的外口可再度穿破，待脓液流出后症状才逐渐消失。
微创无痛的肛瘘治疗方法是通过直肠纤维镜进入到肛门里面，通过监视器，直接对内口进行微创电凝，使肛瘘的内口干结闭合，然后洗干净瘘管里面的脓液，这样以后大便后，粪便里面的细菌和粪水进不到四面的组织里面去，就不会形成感染，疼痛。肛瘘一般可以采取挂线或者是手术治疗，需要采取积极的预防，不要有思想负担，多保重粗纤维食物保持大便通畅。积极的预防，提高身体素质。
肛瘘一旦形成，恢复的机会极少，瘘管复杂化后，带来许多麻烦与一定的危害性。是脓水污染内裤，剧烈活动后可促使脓液外溢，局部经常受到刺激，皮肤摩擦、瘙痒，非常痛苦，影响工作和学习，久而久之可使身体虚弱消瘦，精神不振，抗病能力下降，出现贫血，发作也越加频繁，形成互为因果。
肛瘘当然需要治疗，而且治疗方法只有手术治疗，肛瘘有比较简单的低位单纯肛瘘和比较难的高位复杂肛瘘。低位单纯肛瘘往往做肛瘘切除术就可以治号，而高位复杂肛瘘则需要做肛瘘切开术或者肛瘘挂线术。
