发生巧克力囊肿主要的病因是内分泌的因素，其次，分娩多次流产可引起输卵管堵塞，也是巧克力囊肿的病因之一，性生活过于频繁，也是导致巧克力囊肿的重要原因。也可能和压力过大等因素有关。
巧克力囊肿的早期症状是痛经，且呈进行性加重，有的也可没有症状，是由于不孕症，去医院检查时才发现的。巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，尤其是会出现性前时疼痛出血。
原因有很多比如，慢性炎症刺激，也有一些环境因素影响，还有生活习惯不好、心理压力过大等因素造成体质过度酸化，人体整体的机能下降。、内分泌因素等，都会引起。需要及时治疗，多注意休息，劳逸结合，避免不必要的检查，注意卫生。
巧克力囊肿是由内分泌因素引起，这是常见的病因。卵巢虽小，却是产生卵子并排卵、内分泌激素、平衡内分泌的重要，囊肿多发生于内分泌旺盛的生育年龄，所以认为与内分泌失调有关。也可能因长期久坐造成，由于长期久坐或姿势不佳，月经前及月经期常有剧烈疼痛，导致经血逆流入输卵管、卵巢，引起下腹痛、腰痛，尤其有厉害的经痛，此即所谓巧克力囊肿。
月经不调：卵巢巧克力囊肿者通常会出现月经量过多的症状，这是相当常见的症状，又不少会出现经血较多且带劲的时间比较长的情况；痛经：痛经是巧克力囊肿的主要症状，一般是继发性的症状但会逐年加重，但是临床上也有少数并没有很明显的痛经症状。痛经多是从月经前就开始甚至是在周期的后半期就开始了，要持续一个月经期到月经后的数日才会结束消失，一般疼痛的部位会出现在下腹部位，或者是偏于一侧；性生活痛。
巧克力囊肿是导致女性不孕症发生的常见原因，也是子宫内膜异位症的常见的表现形式。由于内膜开始在女性的卵巢进行生长，但是在生理期的时候这一部分的内膜并不会随着离开自己的，而是在卵巢的位置淤积，随着长在卵巢位置的内膜不断增厚，淤积的内膜会越来越多，使得卵巢的位置出现了囊肿。
