巧克力囊肿的早期症状有：痛经，痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重。性交疼痛，这也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。不孕及月经失调。
手术一般有两种方式，开腹和腹腔镜。传统的开腹手术费用较低，3000元-5000元左右，但是创伤大，需要的恢复时间较长；腹腔镜手术创伤小，术后恢复快，费用总计约7000元-9000元左右，但是术后容易引起粘连。
巧克力囊肿手术费用大约5千元-7千元。巧克力卵巢囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗。药物治疗包括假孕疗法，假绝经疗法等，但只能缓解症状控制发展，所以对卵巢巧克力囊肿多主张手术治疗。
卵巢巧克力囊肿早期症状表现有性变疼痛：这也是一个明显的信号，可能还伴有点状流血。不正常的经痛：痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆。没有采取避孕措施也不会怀孕。
可以的，巧克力囊肿（巧囊）是子宫内膜异位症的一种。目前治疗内膜异位症的药物，在服药期间病人一般月经停止来潮，痛经的症状可以得到缓解。药物也可以抑制异位子宫内膜的生长。
超声介入治疗巧克力囊肿效果好。囊肿超声介入治疗是经皮穿刺抽吸囊液联合硬化剂硬化治疗，属于手术范围，在超声影像引导及监测下，利用直径约1.1mm的金属针，准确穿刺到囊腔内，穿刺过程全时监测，穿刺路径为经腹部或者经阴道，取决于病人是否已婚、囊肿位置高低以及穿刺路径障碍大小等因素。
