对于子宫内膜不典型增生的治疗，首先要明确诊断，查清原因，若伴有多囊卵巢、卵巢功能性肿瘤、其他内分泌功能紊乱，应行针对性治疗。同时对诊断为子宫内膜不典型增生者即刻开始对症治疗，采用药物治疗或手术治疗。方案的选择对生育的要求，年龄小于40岁者，其癌变倾向低，可首先考虑药物治疗。
果患者有生育要求，年纪比较轻，这类患者应药物保守治疗。一使用大剂量高效的合成孕激素治疗。患者没有生育要求，且年纪比较大，可以考虑手术治疗。手术治疗一般选择子宫切除术，术后需禁止性生活及盆浴，且注意休息。
子宫内膜复杂性非典型性增生，就是疾病的一种交界性病变，对于复杂性非典型性增生的，有可能是多囊卵巢或者是卵巢肿瘤而造成的，卵巢肿瘤也分为良性的或者恶性的还有交界性的疾病而造成的。子宫内膜复杂性非典型性增生，也可见于交界性肿瘤，还可见子宫内膜癌早期的病变。所以，子宫内膜复杂性非典型性增生，包括好几种意思，可能是交界性的肿瘤性病变，也可能是子宫内膜癌的早期病变开始。
非典型增生主要指的是上皮细胞的异常增生，增生的细胞无论在大小，形态及排列等各方面均与正常细胞有所不同，若这种改变累及上皮下部的l/2，为轻度非典型增生；如累及超过上皮下部1/2---2/3处，为重度非典型增生；若累及上皮全层，则已成为原位癌。因此，非典型增生是某些恶性肿瘤形成过程中的一个阶段。如在病理学检查中发现非典型增生，要提高警惕，及早进行治疗o。
卵巢上面的肿瘤，还有多囊卵巢，都是可以通过超声表现显示的一种病变，都属于子宫内膜非典型性增生的一种病因。另外还有垂体轴而引起垂体轴分泌性激素，任何的一个器官出现了问题，也会导致子宫内膜非典型性增生。
非典型子宫内膜增生是比较严重的，如果没有及时的治疗很可能会导致月经紊乱或者不规律出血的情况，也可能会诱发贫血的，这段时间还是多休息，观察经期的变化，注意积极加强营养调经。
