有霉菌性阴道炎，可能是会影响流产手术。因为进行流产手术需要经过阴道，在手术操作的过程中，可能会把阴道中的细菌带入到宫腔内，导致宫腔感染，在流产后患者会出现发烧、炎症感染等症状，甚至会引发盆腔炎、附件炎等妇科疾病。因此患者需要先治疗霉菌性阴道炎，使用阴道塞药和口服药配合治疗，病情得到基本控制后再进行流产手术，才能够在术后恢复的更好。
如果是怀孕三个月发现胎停育的话，也不用太过于忧虑，可以去医院检查，看看现在胎儿是一个小孕囊，还是说已经发育完整，如果发育完整的话，可能需要进行引产手术。如果只是一个孕囊的话，就做普通的无痛人流就可以了。
霉菌性阴道炎又称外阴阴道假丝酵母菌病、念珠菌性阴道炎。
霉菌性阴道炎在妊娠5个多月内不能得到有效的处理，很容易引起子宫内的炎症，从而影响到孩子的生长。轻度的炎症可以用清水冲洗，在清理后使用抗菌的药物，日常生活中要经常换内裤。霉菌性阴道炎病情较重，可以使用克霉唑阴道栓、制霉菌素泡腾片等，避免对孩子造成损伤，影响到孩子的生长。
同时患者应保持乐观情绪，注意及时添加衣物，避免寒冷刺激。
有可能是由于自身免疫力差，或者是由于生活习惯不好，饮食习惯不好引起的，霉菌性阴道炎发作的。可以外用药物洗，平时生活习惯和饮食习惯都要好的，尽量不要吃辛辣食物，刺激性食物，勤换内裤，勤洗外阴。
不一定都会自然流产，虽然大部分自然流产可能会伴随着胚胎停育，会完全排除胚胎组织和附属组织，但是不排除一种现象就是不能自已流干净，导致组织稽留在宫内的现象。这个时候，流产不彻底，宫内还有残留，就要及时清宫。
得了霉菌性阴道炎不要做人工流产手术，也不要有性生活。霉菌性阴道炎是有念珠菌引发的，应该加强个人卫生，同时避免性生活的感染。有霉菌性阴道炎做人流手术，可能会导致炎症上行感染，危害女性身体健康。