应选手术治疗，内口的存在，脓肿虽然破溃或已切开引流，但原发感染源如肛窦炎、或肛腺感染依然存在，肠腔内容物还可从内口继续进入瘘管；肛门部不能静养，脓腔不易粘合：排粪、排尿时，因括约肌收缩或因炎症刺激肛门括约肌，使肛门括约肌经常处于痉挛状态。
肛瘘可以用这种药洗屁股，可以用中药熏蒸及坐浴来治疗。多吃蔬菜水果清淡的食物，多喝汤水，比如大白菜鸡蛋平菇汤等蔬菜汤，如果是暖和的天可以喝点酸奶调节肠胃、比如冰糖炖梨水。
国内的主要治疗方法都还是通过手术来治疗，很少有利用激光治疗的。而且肛瘘的主要病症是由于肛门处长有脓，因此，手术的主要原理是将其割破，从而使其流出来治疗。如果想要利用激光来做治疗肛瘘的手术，先要去专业的医院咨询医生，看是否可以，然后谨遵医嘱，细心治疗，配合医生的建议，自己在生活中也要多加注意。
如果不治疗，病情会加重，影响正常生活，建议到当地正规的医院检查治疗，注意保持好局部卫生，避免过紧内裤摩擦，按时坐浴和涂药，尽量不吃辛辣和肉类食品，以免便秘后加重病情。多喝菜汤，多吃水果，有助于患处康复。
肛瘘的症状是反复脓性分泌物的排出，瘘管通畅无炎症常不感到疼痛，只感觉局部发胀不适，行走时加重，如外口封闭，瘘管积脓，则有疼痛，排便时加重。肛门周围皮肤受分泌物刺激常感觉瘙痒。
