巧克力卵巢囊肿一般指子宫内膜异位囊肿。通常情况下，子宫内膜异位囊肿目前为止病因还不清楚。子宫内膜异位囊肿是指卵巢内的异位子宫内膜组织周期性反复出血，形成被卵巢实质包裹的血肿，当具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢局部的时候，随着每次来月经异位症的病灶，在卵巢内也会出现出血的现象，患者可以通过囊肿剔除术、囊肿穿刺术、卵巢切除术等方式进行治疗。
巧克力囊肿会引起女性小腹疼痛，痛经，性生活疼痛，阴道内不规则出血，盆腔器官黏连。输卵管阻塞，影响受孕几率，如果长期没有得到有效治疗，会引起女性贫血。巧克力卵巢囊肿属于子宫内膜异位，而子宫内膜异位是导致不孕的重要原因之一。
通常情况下，巧克力卵巢囊肿是子宫内膜异位症。
是指子宫内膜与卵巢发生异位所引起的一种囊肿。子宫腔内的内膜剥脱后呈暗红色，像是巧克力，这种情况出现在卵巢上，称为巧克力状卵巢囊肿。巧克力卵巢囊肿属于双侧，女性在月经期间会有左右下腹疼痛，这是痛经的症状。如果卵巢巧克力囊肿比较小，疼痛比较轻微，可以通过适当的镇痛来减轻；如果是巧克力性卵巢囊肿比较大，可能会出现蒂扭转，但术后很可能会出现复发。
卵巢巧克力囊肿的症状主要有以下几点：房事疼痛，不正常的经痛，没有避孕也不会怀孕，明确病因，针对性治疗。卵巢巧克力囊肿在临床上多表现有小腹疼痛、小腹不适、白带增多、白带色黄、白带异味、月经失常、月经失常，而且通常小腹内有一个坚实而无痛的肿快，有时性交会发生疼痛。
建议手术治疗。应尽早确定为肿瘤性的囊肿，还是非肿瘤性的囊肿。可依据肿瘤生长的快慢、大小、性状，以及相应的检查，如超声诊断或腹部断层扫描、核磁共振，乃至腹腔镜检查、剖腹探查，可以明确诊断。
巧克力卵巢囊肿的危害是可能发生扭转，或是窥破，造成腹膜炎。所以巧克力卵巢囊肿一经发现就要到公立医院及时治疗，以免对身体造成危害，严重者影响生活质量，危及生命安全。
