肛瘘初期流脓较多，色黄而稠，粪臭味重。久之，脓液逐渐减少，时有时无，稀淡如水，如果过于疲劳，则脓液增多，可有粪便流出。有时瘘管外口可暂时封闭，但不久病人又会出现发烧、局部肿痛，封闭的外口可再度穿破，待脓液流出后症状才逐渐消失。但是随着肛瘘病情的加重，病人久而久之还会出现一些其它症状甚至是全身症状。
中医是可以治好肛瘘的，肛瘘的挂线疗法，也就是中医的一个治疗方法，平时也要注意形成便秘，以免加重肛瘘的发生，要采用口服抗生素来进行治疗，加强营养，高蛋白饮食，多吃维生素含量比较高的食品，多吃新鲜的水果蔬菜在治疗期间一般是要多休息，多喝水。
肛瘘不治疗会导致肛瘘经久不能恢复，也就是外口会假性愈合等身体抵抗力下降、过度劳累或者进食辛辣、刺激的食物以后，外口可以自行破溃、流脓、渗液，并且伴有臭味等。如果肛瘘不治疗是很难自行恢复的。
如果不治疗，病情会加重，影响正常生活，建议到当地正规的医院检查治疗，注意保持好局部卫生，避免过紧内裤摩擦，按时坐浴和涂药，尽量不吃辛辣和肉类食品，以免便秘后加重病情。多喝菜汤，多吃水果，有助于患处康复。
肛瘘不能自愈，要手术治疗。手术治疗原则是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上缝合。也可选用挂线疗法、肛瘘切开或切除术。少数可行肛瘘切除后一期缝合或游离植皮。
需要注意肛门周围清洁卫生，可以考虑局部应用消炎膏治疗。建议可以考虑当地正规综合性医院肛肠外科检查看看，如果肛瘘持续不能恢复，可以择期手术治疗肛瘘。术后避免炎症感染情况。
