临床表现为长期慢性、或反复发作的腹痛、腹泻及消化不良等症，重者可有粘液便或水样便。本病可由急性肠炎迁延或反复发作而来，病程多在2个月以上。长期过度疲劳、情绪激动、过度精神紧张，加以营养不良，都可成为慢性肠炎的诱因。也可继发于咀嚼障碍、胃酸缺乏、胃大部切除术后、肠道寄生虫病等疾患。
直肠炎首先应该选择一般治疗，平时注意饮食结构，远离辛辣和刺激性的食品，少吃油腻的食物。对于油炸的食品，尽量不要吃，以清淡的、富含维生素类的、容易消化的蔬菜和水果为主，并且要多吃粗纤维的食物。适当的进行体育功能锻炼，也可以坚持肛周进行盐水坐浴，预防局部的感染。
轻微直肠炎主要还是以注意辛辣刺激性食物，减少对直肠炎的刺激，另外需要多吃含有粗纤维的食物，防止便秘这很关键的，再就是需要对肛门进行清洗，另外需要应用消炎药治疗的。
通常情况下，慢性胃肠炎1-3个月左右才痊愈。
慢性胃肠炎以长期的病程为主，主要是由细菌或病毒感染所致。如果按照常规用药，一般一周左右就会好转，但是如果要让破损的胃肠道恢复到原来的样子，就必须要吃药了。此外，在服药过程中要避免食用辛辣、油腻、生冷一级不易消化的食物，以免影响药物的作用，从而延长治疗的时间。
小儿慢性胃肠炎的临床表现与胃粘膜病变的严重程度并不相符，而且病程会随着时间的推移而延长。
小儿慢性胃肠炎的症状以反复腹痛为主，没有规律，一般在进食后会加剧，且疼痛位置不明确，多见于脐周。小儿腹痛的主要表现是不稳定、进食和行为的正常变化，年龄较大的儿童则会出现上腹部疼痛，出现嗳气、早饱、恶心、上腹部不适、反酸、吃硬、冷、辛辣等食物，或吃了冷、辛辣等食物，导致病情加重。
少数儿童会有食欲减退、乏力、消瘦、头昏等症状，同时伴有胃糜烂的患者会有黑便的体征，一般不会很明显，疼痛的位置可能是在中上腹部或者是脐周。
