要根治舌下囊肿的方法是切除舌下腺，而不需摘除囊壁，年幼或体质虚弱而不能耐受舌下腺切除术的患者，可切除囊肿前壁，并将其边缘与口腔粘膜缝合(袋形缝合)。最好根治方法是完整摘除病变组织及腺体。最后患者需要注意的事是，一定要到正规口腔专科医院治疗此病。
舌下腺囊肿属于唾液腺黏液囊肿，据其病因和病理表现的不同，可以分为外渗性粘液囊肿及潴留性黏液囊肿。主要是导管系统的部分阻塞，可由微小涎石分泌物浓缩或导管系统弯曲等原因所致。
舌下囊肿严重的话可以做手术切除，它是由于舌下腺或者颌下腺的开口堵塞，分泌物滁留导致的，严重的可以影响发音或者舌头的功能，平时要注意口腔卫生，按时刷牙漱口，多吃新鲜蔬菜水果，注意休息，避免劳累。
舌下腺囊肿的治疗方法就是手术切除。选择正规公立医院的口腔科进行检查，确定诊断以后，选择手术治疗。这种手术相对来说还是比较小的，也比较安全。局部麻醉就可以。所以不用过于担心。
需要3天-5天的时间，在术后的3-8周内，女性要注意勤换内裤，尽量卧床休息，不可进行性生活，以免性生活使炎症再次复发。饮食尽量以清淡为主，禁食辛辣、油腻等刺激性食物，禁食烟酒，不可食用生冷食品。
囊肿不会癌变，但有些癌在病变过程中会长成囊肿。囊肿的囊壁是一层膜状结构，其内皮有分泌功能，能分泌浆液，如腱鞘囊肿、肾囊肿等，这些囊肿是良性病变，不会癌变。而在一些癌性病变，当肿块中间发生缺血坏死，坏死组织液化并被包裹，形成囊性结构，或一些恶性病变中具有一定的分泌功能的癌细胞逐步增长，形成囊性结节，就是癌性囊肿，如粘液囊腺癌。