一般情况下，卵巢囊肿可以通过活检来确认囊肿是否为良性，具体内容如下：
卵巢囊肿是良性还是恶性，通常要到医院做妇科肿瘤标记，如果是良性的，那就是有一定的几率。正常情况下，有恶性的可能性，比如血液ca125升高，或者是子宫内的巧克力囊肿，属于良性的。因此，要做好术前做一次简单的组织学分析，确定卵巢囊肿的具体情况，做简单的病理检查是不准确的。
通常情况下，良性卵巢囊肿可以通过手术来治疗。具体分析如下：
卵巢囊肿是卵巢常见的良性肿瘤，由于卵巢囊肿不会具有恶变的可能，因此，临床上对于没有临床症状卵巢囊肿可以不给予任何处理，单纯给予临床观察即可，常规进行超声检查，妇科检查和化验肿瘤标志物CA-125检查即可。但是，对于卵巢囊肿较大，伴有压迫、阻塞周围组织器官功能的，或者因为卵巢囊肿可能导致蒂扭转危险的患者，则建议手术治疗。
卵巢囊肿是良性肿瘤。
卵巢囊肿是常见妇科疾病的一种。卵巢囊肿在病理情况下可以分为良性恶性和交界性，所以卵巢囊肿不一定都是良性肿瘤，但是大部分卵巢囊肿是良性的，而且体积较小，不会产生压迫症状。也有一部分良性卵巢囊肿体积较大，会对子宫膀胱肠道产生压迫症状，如可出现腹痛腹胀，尿频尿急尿痛等症状，也有可能产生卵巢囊肿蒂扭转从而导致剧烈腹痛。
月经紊乱一般卵巢，甚至双侧卵巢囊肿，由于并不破坏所有的正常卵巢组织，故多半不引起月经紊乱；下腹不适感为病人未触及下腹肿块前的最初症状。由于肿瘤本身的重量以及受肠蠕动及体位变动的影响，使肿瘤在盆腔内移动牵扯其蒂及骨盆漏斗韧带，以致病人有下腹或骼窝部充胀、下坠感；腹围增粗、腹内肿物是卵巢囊肿中最常有的现象。病人觉察自己的衣服或腰带显得紧小，方才注意到腹部增大。
卵巢良性肿瘤一般病程长，生长慢，多为单侧，活动，囊性多见，表面光滑，无腹水，B超检查为液性暗区，边缘清晰。卵巢恶性肿瘤病程短，生长快，多为双侧，实性或囊实性，表面不光滑结节状，常有腹水，多为血性，可查到癌细胞，B超检查回声杂乱，边缘不清晰。
卵巢囊肿表面光滑，体积大小不一，一般小干5cm.可移动，也可以发展成巨大囊肿，可以是单囊肿或多囊，每个囊腔大小不一囊肿增大较慢，病程较长.无腹水是良性。卵巢癌会产生身体不适，有时发热，消瘦快.卵巢癌会肿块增长很快，病程短，肿块表面有结节而且会产生腹水.肿瘤标志物检查会明显升高。