小儿百日咳情况下服用镇咳祛痰的药物来治疗，如果痰液比较粘稠可以选择雾化吸入，如果经过一段时间的治疗症状没有得到缓解，是需要进行检查对症治疗，平时要注意室内空气的流通，给孩子多吃易消化的食物。
新生儿百日咳可以选择抗生素治疗，早期应用抗生素能够消除细菌，还可以雾化，同时要注意保证休息，避免呕吐，清除咽腔的分泌物如痰液，预防并发症，保持呼吸道的通畅，及时吸痰、吸氧。
控制传染源，进行隔离，对症支持治疗，增加营养，预防受凉。再就是抗感染治疗，选用消炎的药物进行治疗。屋内最好使用加湿器或是在屋内放置几盆清水，增加屋内的湿度，可以缓解上呼吸道不适症状。
支气管炎与百日咳主要的区别在于有没有肺部炎症病变，支气管炎是指各种因素引起的气管—支气管黏膜炎症，表现为咳嗽、咳痰、发热等症状，甚者可以出现胸闷、气促症状，听诊可有两肺散在干、湿性啰音等，在夜间以及活动时加重，咳后有鸡鸣样回声，伴恶心呕吐。
应立即隔离并应用抗生素进行治疗。出现呼吸困难时，应及时吸氧，伴有咳嗽，痰多症状时，可以应用止咳化痰药物进行治疗。百日咳的主要临床表现为阵发性，痉挛性咳嗽，并伴有深长的鸡鸣样吸气性吼声。
百日咳多考虑是炎症反应刺激而引起的，以咳嗽为主要的表现。到专业的儿童医院的呼吸内科诊断，明确以后来可以选择敏感的抗菌药物进行治疗，同时要进行雾化吸入的一种治疗方式，这样在2~3周是可以恢复到一个正常的状态。
