通常情况下，卵巢囊肿手术可能会影响怀孕，也可能不会。具体分析如下：
卵巢囊肿手术是否影响生育与囊肿的大小以及手术方式有很大的关系。如果是单纯的良性囊肿，并且不大，通常不会影响患者怀孕。但是如果卵巢囊肿较大，在做手术时可能就会损伤到周围组织，如输卵管，子宫等，所以这种手术可能会影响怀孕。有时处理恶性的卵巢囊肿，可能会把同侧的附件也同时切除，那么就会导致怀孕的概率降低。
一般来说，如果是单纯的卵巢囊肿，需要做腹腔镜手术，一般在术后3个月左右就能准备怀孕。
但是，如果是卵巢巧克力囊肿，可以通过肌肉注射曲普瑞林等药物来控制巧克力囊肿的复发，但是这种情况下一般要半年后才能怀孕。而且服用曲普瑞林后，会有假绝经，短时间内可能也无法怀孕。患者备孕期间可以服用叶酸，养成良好的作息习惯。
一侧卵巢手术后，只要对侧功能正常，一般可以怀孕。备孕期间不能食用辛辣刺激性生冷的食物，注意休息，不要过度劳累，服用叶酸来预防一下胎儿神经管畸形，注意会阴部卫生清洁，勤换内裤就可以。
怀孕有卵巢囊肿可能是正常的。
卵巢囊肿是卵巢表面或内部出现的含有液态或固态物质的囊状结构。如孕前查无卵巢囊肿，妊娠后出现卵巢囊肿属正常现象，认为是黄体囊肿。怀孕妇女尤其早孕，卵巢可出现生理性黄体囊肿，主要保持妇女怀孕，分泌雌激素、孕激素。黄体囊肿也可以发生在输卵管或者子宫中，而不只是局限于阴道或宫颈。通常妊娠3个月后，卵巢中胎盘组织可代替卵巢中黄体囊肿。
卵巢囊肿手术对于正常的怀孕没有太大的影响的，但是也是需要看卵巢的恢复情况，以及另一侧卵巢的排卵功能是否正常，毕竟每个人的身体状况不同，在治疗上是不一样的，具体如何用药，如何治疗，以及术后的调养工作，这都是很重要的问题的，是否能够怀孕，也不仅仅取决于卵巢囊肿手术，还是需要多种因素的。
