胚胎发育不好大部分会出现自然流产，一小部分胚胎存活下来，出现畸形胎儿。胚胎发育不好的原因主要是胚胎自身的异常，如出现染色体异常。还有一部分原因来自母体因素，如母体有内分泌异常，甲状腺功能低下或亢进，有高泌乳素血症时会出现胚胎发育不良。
导致胚胎不良的原因有很多，通常有免疫性因素、遗传性因素、感染性因素、内分泌性因素、解剖因素等，可以到专科医院详细检查，明确诊断，对症治疗，避免错过治疗的最佳时间。
胚胎停止发育是有很多原因的，有染色体方面的因素，有内分泌方面的因素，还有炎症方面的因素，还有免疫方面的因素，夫妻双方都要检查。一定要注意平时生活规律，饮食上要清淡为主，不能过于劳累。夫妻双方可以到当地的正规机构或者医院做优生优育检查。
可能是孕妇孕期的营养供给不足，不能维持自身和胎儿的生长发育。如果孕妇在孕期患有某些疾病或者是服用了某些药物，那么也可能会使胚胎发育不好。如果在孕期同房，尤其是孕早期。有可能会挤压到胎儿，都会影响到胎儿的发育。
胚胎发育不好的原因很多，主要与父母身体素质差有关，比如父母抽烟喝酒，熬夜等不良习惯可能会导致胚胎发育不良。也与遗传因素和环境因素有关。母亲有高血压，糖尿病，心脏病，慢性肾炎，贫血等也可能会导致胎儿发育不良。出现胚胎发育不良的情况发生，男方和女方都需要进行一系列检查，男方可以查一下精液常规，女方需要查一下甲状腺功能，优生四项等。
之前有过两次自然流产，建议最好去正规医院留取胚胎做染色体检查，排除遗传因素。其次还要做免疫学、内分泌检测、男女双方染色体、女方查性激素六项、甲功三项、支原体衣原体、优生四项、免疫四项、凝血机制、抗心磷脂抗体封闭抗体系列等。此外，孕期要注意多做运动，提高身体的抵抗力和身体素质。孕期3个月内要注意口服叶酸，避免出现胎儿的神经管异常。
