胃肠间质瘤是恶性肿瘤，大部分的胃肠间质瘤恶性程度不是很高，治疗方法主要是手术切除及靶向药物治疗。现在诊断是胃肠间质瘤的情况下需要及时的手术切除及病理化验，如果胃肠间质瘤直径大于5厘米的症状下，术后一般需要口服靶向药物如格列卫，预防肿瘤复发及转移。
胃间质瘤同时具备良性特质与恶性特质，无法简单判断其良恶性。根据肿瘤的大小，将胃间质瘤区分为，低度恶性，中度恶性和高度恶性。直径为几毫米的胃间质瘤，判断为低度恶性或趋于良性，此类肿瘤往往只需定期检查。肿瘤直径达到2cm-3cm或以上为中度恶性，此时需通过手术进行治疗，以防危害生命。
胃间质瘤良恶性鉴别根据低度恶性，如直径为几毫米的胃间质瘤，通常判断为低度恶性或趋于良性，此类肿瘤往往只需定期检查；还有中度恶性：若肿瘤直径达到2-3cm，则判断为中度恶性，此时需通过手术进行治疗。其次是高度恶性：若肿瘤达到5cm以上，则为高度恶性，需及时进行手术治疗，以防危及生命。
进行生物疗法来治疗。是来自生物体自身的并可通过调动机体固有的防御功能去抵御肿瘤的一些分子和细胞，它们既是机体对内、外环境刺激应答的效应机制，也是机体维持内环境稳定的重要因素。
间质瘤分为良性肿瘤和恶性肿瘤，也是癌，想要看胃间质瘤是良性的还是恶性的，因为在胃肠道，手摸不会有触感，所以只能是切片做病理检查。如果是有恶性的病变，应该及时手术治疗。在饮食上不能吃油腻，也不能吃太多辛辣的。
胃肠间质瘤是源于胃肠道未定向分化的间质细胞，是一种间叶组织来源肿瘤。所有这部分间叶组织来源的肿瘤应该都有复发转移的倾向和可能，因此在本质上仍然是属于恶性肿瘤。