肛周脓肿在中医上叫做肛痈。首先可以采用内治法，根据它发病条件不同，分为三个证型，如果是火毒蕴结型，可以清热解毒，使用仙方活命饮和黄连解毒汤加减。如果是热毒炽盛型，治疗上应该清热解毒透脓，可以使用透脓散加减。如果是阴虚毒恋型，治疗上应该养阴清热解毒，使用青蒿鳖甲汤合加减。
肛周囊肿需要治疗，可以手术治疗，肛周脓肿一般多因为肛门窦发炎所致，如果已经形成脓肿，手术为好，肛周脓肿多合并肛瘘，所以手术时要注意有无肛瘘的内口，必要时进行挂线治疗，饮食禁忌，辛辣油腻等刺激性食物。
肛周囊肿手术做了就可以走路，手术后一般十天左右拆线，就恢复正常了。养成良好的生活习惯，作息规律，睡眠充足，不要熬夜，不要劳累，锻炼身体，提高身体素质，增强免疫力。同时注意饮食清淡，避免吃辛辣生冷油腻的食物，注意保暖，避免冷刺激。
肛周囊肿检查B超和MRI检查。多为椭圆形，均匀的低点状回声且内部无血流信号，多数伴后方回声增强，伴发感染时则回声不均匀，呈现无回声或增强回声，而发生于睾丸部分的表皮样囊肿有典型的“洋葱皮”样、“漩涡”样、“螺纹征”表现。
探针检查：采用有钩圆头探针，在双叶肛门镜下探查脓肿部位的肛隐窝，感染隐窝多凹陷加深，探针进入容易，如有脓液溢出即是内口。也可切开脓肿后由脓腔内探查，用食指在肛管内触模，探针头下最薄，只隔一层粘膜处，即是内口。
