膀胱结石的治疗以手术治疗为主，同时进行病因治疗、抗感染及对症治疗。手术的方法分为微创及开放手术两种类型。微创手术是经过尿道把碎石器械放到膀胱内，进行碎石，并把结石取出。
无痛的。膀胱结石可以选择体外冲击波碎石。体外冲击波碎石一般适用于大于六毫米，小于两厘米的膀胱结石。如果膀胱结石通过体外碎石效果不佳，可以选择做膀胱结石微创手术。体外冲击波碎石的优点是创伤比较小，可以多次的体外碎石，恢复起来也比较快。
膀胱结石的典型表现主要是排尿过程中的突然中断，疼痛可以放射至远端的尿道及阴茎头部，伴有排尿困难及尿频、尿急、尿痛，也可伴有血尿。小儿常表述不清，但常用手拉扯阴茎，跳跃或改变体位之后能够继续排尿或者疼痛缓解。
膀胱结石的最佳治疗方法大体上两类，一类为手术取石，一类为非手术碎石，其中手术取石即传统的耻骨上膀胱切开取石术，另一类的非手术碎石则又可分为膀胱镜机械碎石大力钳碎石、液电效应碎石、超声碎石、弹道气压碎石等。
膀胱结石外科治疗的方法包括内腔镜手术、开放性手术和体外碎石术。内腔镜的治疗：经尿道膀胱镜结石的治疗方法是目前治疗膀胱结石主要的方法。方法的优点，它可以直观、直接的碎石；可以同时处理下尿路的梗阻性疾病，比如说尿道狭窄、前列腺增生。目前使用较多的是钬激光碎石术：一个是可以治疗结石；第二个可以治疗引起结石的其他的疾病，如尿道的狭窄、前列腺增生等情况。
可以通过彩超检查判断膀胱结石的大小。如果膀胱结石比较小，有机会经过尿道排泄，可以辅助药物比如排石颗粒，另外就是多喝水，如果膀胱结石较大，可以考虑膀胱镜取石处理。